NCBI 資源介紹
本文目錄：
NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心) 簡(jiǎn)介
NCBI 站點(diǎn)地圖
NCBI癌癥基因組研究
NCBI－Coffee Break
NCBI－基因和疾病
NCBI－UniGene
Cluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介紹
Gene Expression Omnibus （GEO）介紹
LocusLink介紹
關(guān)于RefSeq：NCBI參考序列
NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)簡(jiǎn)介
介紹
理解自然無(wú)聲但精妙的關(guān)于生命細胞的語(yǔ)言是現代分子生物學(xué)的要求。通過(guò)只有四個(gè)字母來(lái)代表DNA化學(xué)亞基的字母表，出現了生命過(guò)程的語(yǔ)法，其最復雜形式就是人類(lèi)。闡明和使用這些字母來(lái)組成新的“單詞和短語(yǔ)”是分子生物學(xué)領(lǐng)域的中心焦點(diǎn)。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的數據庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在于發(fā)現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，并且為研究人員提供更好的便利來(lái)獲得分析和計算的工具，以便推動(dòng)對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。
國立中心的建立
后來(lái)的參議員Claude Pepper意識到信息計算機化過(guò)程方法對指導生物醫學(xué)研究的重要性，發(fā)起了在
建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動(dòng)系統
實(shí)行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復合物的結構和功能的基于計算機的信息處理的，先進(jìn)方法的研究
加速生物技術(shù)研究者和醫藥治療人員對數據庫和軟件的使用。
全世界范圍內的生物技術(shù)信息收集的合作努力。
NCBI通過(guò)下面的計劃來(lái)實(shí)現它的四項目的：
基本研究
NCBI有一個(gè)多學(xué)科的研究小組包括計算機科學(xué)家，分子生物學(xué)家，數學(xué)家，生物化學(xué)家，實(shí)驗物理學(xué)家，和結構生物學(xué)家，集中于計算分子生物學(xué)的基本的和應用的研究。這些研究者不僅僅在基礎科學(xué)上做出重要貢獻，而且往往成為應用研究活動(dòng)產(chǎn)生新方法的源泉。他們一起用數學(xué)和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫學(xué)問(wèn)題。這些問(wèn)題包括基因的組織，序列的分析，和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是：檢測和分析基因組織，重復序列形式，蛋白domain和結構單元，建立人類(lèi)基因組的基因圖譜，HIV感染的動(dòng)力學(xué)數學(xué)模型，數據庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開(kāi)發(fā)新的數據庫搜索和多重序列對齊算法，建立非冗余序列數據庫，序列相似性的統計顯著(zhù)性評估的數學(xué)模型，和文本檢索的矢量模型。另外，NCBI研究者還堅持推動(dòng)與NIH內部其他研究所及許多科學(xué)院和政府的研究實(shí)驗室的合作。
數據庫和軟件
在1992年10月，NCBI承擔起對GenBank DNA序列數據庫的責任。NCBI受過(guò)分子生物學(xué)高級訓練的工作人員通過(guò)來(lái)自各個(gè)實(shí)驗室遞交的序列和同國際核酸序列數據庫（EMBL和DDBJ）交換數據建立起數據庫。同美國專(zhuān)利和商標局的安排使得專(zhuān)利的序列信息也被整合。
GenBank以指數形式增長(cháng)，核酸堿基數目大概每14個(gè)月就翻一個(gè)倍。最近，GenBank擁有來(lái)自47,000個(gè)物種的30億個(gè)堿基。
孟德?tīng)柸祟?lèi)遺傳（OMIM），三維蛋白質(zhì)結構的分子模型數據庫（MMDB），唯一人類(lèi)基因序列集合（UniGene），人類(lèi)基因組基因圖譜，分類(lèi)學(xué)瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃（CGAP）。
Entrez是NCBI的為用戶(hù)提供整合的訪(fǎng)問(wèn)序列，定位，分類(lèi)，和結構數據的搜索和檢索系統。Entrez同時(shí)也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個(gè)用以整合NCBI數據庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數據庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結構，全基因組，和通過(guò)PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個(gè)強大和獨特的特點(diǎn)是檢索相關(guān)的序列，結構，和參考文獻的能力。雜志文獻通過(guò)PubMed獲得，PubMed是一個(gè)網(wǎng)絡(luò )搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬(wàn)雜志引用的訪(fǎng)問(wèn)，包含了鏈接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò )站點(diǎn)的全文文章。
BLAST是一個(gè)NCBI開(kāi)發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLAST能夠在小于15秒的時(shí)間內對整個(gè)DNA數據庫執行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開(kāi)放閱讀框尋覓器（ORF Finder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數據庫和軟件工具可以從WWW或FTP來(lái)獲得。NCBI還有E-mail服務(wù)器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪(fǎng)問(wèn)數據庫一種可選方法。
教育和訓練
NCBI通過(guò)贊助會(huì )議，研討會(huì )，和系列演講來(lái)培養在應用于分子生物學(xué)和遺傳學(xué)的計算機領(lǐng)域的科學(xué)交流。一個(gè)科學(xué)訪(fǎng)問(wèn)學(xué)者項目已經(jīng)成立，來(lái)培養同外部科學(xué)家的合作。作為NIH內部的部分研究項目，也提供博士后工作位置。
NCBI站點(diǎn)地圖---關(guān)于Database的一般介紹
基本信息
什么是GenBank？GenBank是一個(gè)有來(lái)自于70,000多種生物的核苷酸序列的數據庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特征的注釋?zhuān)€包括氨基酸的翻譯。GenBank屬于一個(gè)序列數據庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
紀錄樣本 - 關(guān)于GenBank的各個(gè)字段的詳細描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
訪(fǎng)問(wèn)GenBank - 通過(guò)Entrez Nucleotides來(lái)查詢(xún)。用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)查詢(xún)。關(guān)于Entrez更多的信息請看下文。用BLAST來(lái)在GenBank和其他數據庫中進(jìn)行序列相似搜索。用E-mail來(lái)訪(fǎng)問(wèn)Entrez和BLAST可以通過(guò)Query和BLAST服務(wù)器。另外一種選擇是可以用FTP下載整個(gè)的GenBank和更新數據。
增長(cháng)統計 - 參見(jiàn)公布通知的
公布通知，最新 - 最近和即將有的變化，GenBank的分類(lèi)，數據增長(cháng)統計，GenBank的引用。
公布通知，舊 - 同上相同，是過(guò)去公布的統計。
遺傳密碼 - 15個(gè)遺傳密碼的概要。用來(lái)確保GenBank中紀錄的編碼序列被正確的翻譯。
（向）GenBank提交（數據）
關(guān)于提交序列數據，收到accession number，和對紀錄作更新的一般信息。
BankIt - 用于一條或者少數條提交的基于WWW的提交工具軟件。（請在提交前用VecScreen去除載體）
Sequin - 提交軟件程序，用于一條或者很多條的提交，長(cháng)序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交?？梢元毩⑹褂?，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以鏈接到其他NCBI的資源和軟件比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體）
ESTs - 表達序列標簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來(lái)自于差異顯示和RACE實(shí)驗的cDNA序列。
GSSs - 基因組調查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
HTGs - 來(lái)自于大規模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類(lèi)的HTG序列可以同時(shí)在GenBank和Human Genome Sequencing頁(yè)面上訪(fǎng)問(wèn)。）
STSs - 序列標簽位點(diǎn)。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。
注：SNPs - 人類(lèi)的和其他物種的遺傳變異數據可以提交到NCBI數據庫的單核苷酸多態(tài)性庫中（dbSNP）。
國際核苷酸序列數據庫合作組織
GenBank，DDBJ，EMBL - 合作計劃的概述，并鏈接到相應的主頁(yè)。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）數據庫共享的數據是每天都交換的，因此他們是相等的。數據紀錄的格式和搜索方式可能會(huì )不一樣，但是accession number，序列數據和注解都是一模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應紀錄，得到的結果是完全一樣的序列數據，參考內容等等。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 — 特性表格式和標準被合作數據庫用在序列記錄的注釋上，使得數據共享成為可能，包括詳細的描述生物特性和特性限定語(yǔ)的附錄，以及IUPAC規定的核苷酸和氨基酸的代號。
GenBank普通文件格式 — 參見(jiàn)GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
FASTA格式 — 定義行號后只跟隨序列數據（示例），參見(jiàn)描述數據庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸數據庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白質(zhì)），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
核酸序列
Entrez核酸 — 用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜索核酸序列記錄（在GenBank + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見(jiàn)下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。
dbEST — 表達序列標簽數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來(lái)自于差異顯示和RACE實(shí)驗的cDNA序列。
dbGSS —基因組調查序列的數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
dbSTS —序列標簽位點(diǎn)的數據庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。
dbSNP — 單核苷酸多態(tài)性數據庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復單元，和微衛星變異。
完整的基因組
參見(jiàn)下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。
UniGene — 被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的人類(lèi)基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載。
人類(lèi)UniGene
小鼠UniGene
大鼠UniGene
斑馬魚(yú)UniGene
BLAST — 將你的序列同核酸庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相似搜索部分）
蛋白序列
Entrez蛋白 —用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜索蛋白序列記錄（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見(jiàn)下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。Curated, 非冗余集合包括基因組DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。 FTPGenPept — 下載“genpept.fsa.Z”文件，這個(gè)文件包含了從GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過(guò)來(lái)的FASTA格式的氨基酸序列，這些記錄都有一到兩個(gè)CDS特性的描述。
完整基因組
參見(jiàn)下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。
Entrez基因組 — 提供了一個(gè)編碼區的概要和各種物種的分類(lèi)表（TaxTable）。編碼區概要列出了在基因組中所有的的蛋白，并提供鏈接到FASTA文件和BLAST。分類(lèi)表總結了蛋白BLAST分析的結果，建議他們的可能功能，并用顏色編碼的圖來(lái)顯示物種同其它物種之間的關(guān)系（參見(jiàn)下面'Genomes和Maps,'部分Entrez基因組的一般描述）
FTP基因組蛋白 — 從ftp站點(diǎn)的genbank/genomes目錄下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。參見(jiàn)readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。
PROW — Web上的蛋白資源，關(guān)于大約200種人類(lèi)的CD細胞表面分子的簡(jiǎn)短官方向導?；ハ鄼z索，為每個(gè)CD抗原提供大約20中標準信息的分類(lèi)（生化功能，配體，等等）
BLAST — 將你的序列同蛋白庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相似搜索部分）
結構
結構主頁(yè) — 關(guān)于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪(fǎng)問(wèn)分子模型數據庫（MMDB）和用來(lái)搜索和顯示結構的相關(guān)工具。
MMDB：分子模型數據庫 — 一個(gè)關(guān)于三維生物分子結構的數據庫，結構來(lái)自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來(lái)源于Brookhaven蛋白數據庫（PDB）三維結構的一部分，排除了那些理論模型。MMDB重新組織和驗證了這些信息，從而保證在化學(xué)和大分子三維結構之間的交叉參考。數據的說(shuō)明書(shū)包括生物多聚體的空間結構，這個(gè)分子在化學(xué)上是如何組織的，以及聯(lián)系兩者的一套指針。利用將化學(xué)，序列，和結構信息整合在一起，MMDB計劃成為基于結構的同源模型化和蛋白結構預測的資源服務(wù)。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage來(lái)顯示。另外，數據庫中類(lèi)似的結構已經(jīng)被用VAST確認，新的結構可以用VASTsearch來(lái)同數據庫進(jìn)行比較。
Cn3D — “See in 3-D”， 一個(gè)用于NCBI數據庫的結構和序列相似顯示工具，它允許觀(guān)察3-D結構和序列—結構或結構—結構同源比較。Cn3D用起來(lái)就象你瀏覽器上的一個(gè)幫助工具。
VAST — 矢量同源比較搜索工具—一個(gè)在NCBI開(kāi)發(fā)的計算算法，用于確定相似的蛋白三維結構。每一個(gè)結構的“結構鄰居”都是預先計算好的，而且可以通過(guò)MMDB的結構概要頁(yè)面的鏈接訪(fǎng)問(wèn)。這些鄰居可以用來(lái)確認那些不能被序列比較識別的遠的同源性。
VAST 搜索 — 結構—結構相似搜索服務(wù)。比較一個(gè)新解出的蛋白結構和在MMDB/PDB數據庫中的結構的三維坐標。VAST搜索計算一系列可能會(huì )被交互瀏覽的結構鄰居，用分子圖形來(lái)觀(guān)察重疊和同源相似。
分類(lèi)學(xué)
NCBI的分類(lèi)數據庫主頁(yè) — 關(guān)于分類(lèi)計劃的一般信息，包括分類(lèi)資源和同NCBI分類(lèi)學(xué)家合作的外部管理者的列表。
分類(lèi)瀏覽器 — 搜索NCBI的分類(lèi)數據庫，包括大于70000個(gè)物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數據庫中有一條核酸或蛋白序列?？梢詸z索一個(gè)特定種或者更高分類(lèi)（如屬，科）的核酸，蛋白，和結構記錄。如果有新物種的序列數據被放到數據庫中，這個(gè)物種就北加到（分類(lèi)）數據庫中。NCBI的分類(lèi)數據庫的目的是為序列數據庫建立一個(gè)一致的種系發(fā)生分類(lèi)學(xué)。
文獻數據庫概要
PubMed — 一個(gè)關(guān)于生物醫藥科學(xué)的檢索系統，包括引用，摘要，和雜志的索引術(shù)語(yǔ)。它包括直接由出版商提供給NCBI的文獻引用以及鏈接到在出版商網(wǎng)址上的全文的URLs。 PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內容。它還包括一些被MEDLINE認為超出范圍的文章和雜志，（這些文章或雜志）由于內容或在某一時(shí)期不在索引范圍內。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。 雜志瀏覽器 — 允許你去查找收錄到PubMed系統的雜志的名字，MEDLINE的縮寫(xiě)，或ISSN號碼。 PubRef（開(kāi)發(fā)中）— 一個(gè)關(guān)于來(lái)自于廣大范圍的科學(xué)雜志的數目記錄，和鏈接到出版商網(wǎng)址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了來(lái)自其它學(xué)科的雜志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。這個(gè)計劃的啟動(dòng)是因為NAS要求為科學(xué)領(lǐng)域的電子雜志提供一個(gè)“白皮書(shū)”服務(wù)。 PubMed中心（開(kāi)發(fā)中） — PubMed中心是一個(gè)無(wú)障礙的NIH資源，用于在生命科學(xué)領(lǐng)域中同業(yè)互查的基礎研究報告。從2000年一月開(kāi)始接受雜志文章。所有在PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引服務(wù)中列出的雜志提供，或者在編輯委員會(huì )中擁有3個(gè)以上有主要資金機構的研究經(jīng)費的擁有人的雜志提供。
OMIM — 在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳—經(jīng)常更新的人類(lèi)基因和遺傳失調的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻參考，序列記錄，和相關(guān)數據庫。 書(shū)籍 — 同書(shū)籍出版商合作NCBI為網(wǎng)絡(luò )改編了教科書(shū)，并把他們鏈接到PubMed—生物醫藥書(shū)目數據庫。這是為了給PubMed提供背景信息，這樣使用者可以探究在PubMed搜索結果中不熟悉的概念。目前收錄的書(shū)有： Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994,
Genomes and Maps Overview
Entrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒，和真核細胞器。
Entrez基因組（各種物種）
Entrez基因組 — 超過(guò)800種在GenBank中被完整測序的物種，包括大于500種病毒，〉25種細菌，酵母，和許多viroids，質(zhì)粒，和細胞器。還包括正在進(jìn)行中的基因組，比如人，小鼠，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，果蠅，利什曼原蟲(chóng)，水稻，和玉米。提供完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細化的區域。也提供那些已經(jīng)被NCBI工作人員分析過(guò)的物種的編碼區的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，提供整合的果蠅（細胞遺傳學(xué)和序列圖譜）和人類(lèi)（細胞遺傳學(xué)，遺傳連鎖，序列，放射雜交，和其它圖譜）的染色體圖譜的瀏覽。
通過(guò)每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面來(lái)下載〈350kb的基因組。
通過(guò)NCBI ftp站點(diǎn)來(lái)下載〉350kb的基因組—參見(jiàn)在genbank/genomes目錄下的readme文件，ftp鏈接在每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面上也有。
NCBI站點(diǎn)地圖---Human Genome人類(lèi)基因組數據介紹
向導
人類(lèi)基因組資源向導 — 可用的人類(lèi)基因組數據資源概覽。包括關(guān)于人類(lèi)基因組的公告和進(jìn)展報告和提供對以前分離的數據的集中訪(fǎng)問(wèn)。
人類(lèi)基因組序列數據的狀態(tài) — 描述了目前在GenBank中的數據的范圍，包括完成的和草圖高通量基因組序列數據的討論。
染色體
人類(lèi)基因組測序 — 每一條染色體，概述了人類(lèi)基因組計劃的測序進(jìn)展（圖示和統計）。提供對基因組序列數據的訪(fǎng)問(wèn)，也有鏈接到參與的國際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出的參考文獻。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被顯示出來(lái)，以表示組成他們的GenBank中的記錄的成分，或者那些由e-PCR確定的位于其上的STS標記。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。
Entrez圖譜瀏覽器 — 整合的染色體圖譜—圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標記或基因名字互相align過(guò)的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過(guò)的序列圖譜。在人類(lèi)基因組數據和搜索技巧文件中有關(guān)于20種序列，細胞遺傳，遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明。
FTP — 每個(gè)染色體都有一個(gè)文件目錄包含各種格式的完成的基因組contig（NT_*記錄）：
hs_chr*.asn ASN.1 格式 (description above)
hs_chr*.fna.gz FASTA 格式(description above)
hs_chr*.gbk.gz GenBank flat file 格式
（目前注解包括STS標記，已知和預期的基因將被在將來(lái)幾個(gè)月中加入）
hs_chr*.gbs GenBank summary 格式
（這個(gè)格式不含有序列數據，但是包含一個(gè)“CONTIG”字段，表明這個(gè)contig是如何有獨立的GenBank記錄組裝起來(lái)的。）
BLAST人類(lèi)基因組序列數據
BLAST人類(lèi)染色體 — 將一個(gè)核酸或蛋白序列同已經(jīng)完成的HTG contig比較。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。同人類(lèi)染色體作BLAST是人類(lèi)基因組測序頁(yè)面的一個(gè)組成部分。
BLAST htgs數據庫 — 將一個(gè)核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列（第0，1，2期）進(jìn)行比較（關(guān)于各期HTG序列的詳細說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)）。盡管htgs數據庫包含有來(lái)自許多物種的序列，你可以使用Advanced BLAST頁(yè)面來(lái)限定你的搜索只在人類(lèi)。
BLAST gss數據庫 — 將一個(gè)核酸或蛋白序列同隨機的“單次（測序）閱讀”的基因組調查序列比較，如同cosmid/BAC/YAC末端序列，exon trap獲得的基因組序列，和Alu PCR序列。盡管gss數據庫包含有來(lái)自許多物種的序列，你可以使用Advanced BLAST頁(yè)面來(lái)限定你的搜索只在人類(lèi)。
基因
位點(diǎn)鏈接（LocusLink） — 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，同名，序列accesssion number，表型，EC號碼，OMIM號碼，Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
OMIM — 在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳—經(jīng)常更新的人類(lèi)基因和遺傳失調的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻參考，序列記錄，和相關(guān)數據庫。
RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。
UniGene — 被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的人類(lèi)基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載。
序列
人類(lèi)基因組測序 — 每一條染色體，概述了人類(lèi)基因組計劃的測序進(jìn)展（圖示和統計）。提供對基因組序列數據的訪(fǎng)問(wèn)，也有鏈接到參與的國際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出的參考文獻。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被顯示出來(lái)，以表示組成他們的GenBank中的記錄的成分，或者那些由e-PCR確定的位于其上的STS標記。Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的辦法是用Jang, et al描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_*的accession number，作為RefSeq計劃的一部分。關(guān)于各期HTG序列的詳細說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。
RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。
Entrez — 對GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB數據庫中的核酸和蛋白序列數據提供整合的訪(fǎng)問(wèn)，同時(shí)提供對3D蛋白結構，基因組圖譜信息和PubMed MEDLINE的訪(fǎng)問(wèn)。Entrez包含了對每個(gè)數據庫記錄的預先計算好的相似搜索，產(chǎn)生一個(gè)相關(guān)序列，結構，和MEDLINE記錄的表。包括了來(lái)自〉70000個(gè)物種的序列數據，可以用物種字段來(lái)限制記錄只在人類(lèi)搜索。
UniGene — 被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的人類(lèi)基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載。
DbEST — 表達序列標簽數據庫—短的（300—500bp）的cDNA序列，代表mRNA的單次（測序）閱讀。常常有大量的EST被測序，并代表了在一個(gè)給定的組織或一個(gè)給定的發(fā)育階段的基因表達的快照。同時(shí)包含了由CGAP計劃產(chǎn)生的ESTs，和來(lái)自差異顯示及RACE實(shí)驗的序列。
克隆登記 — 由多方人類(lèi)基因組測序中心使用的數據庫，用來(lái)記錄哪些克隆已經(jīng)被選來(lái)測序，哪些正在被測序，哪些已經(jīng)完成，哪些已經(jīng)被送到GenBank中去了。包括BACs, PACs, cosmids, fosmids。使用統一的克隆名字表示克隆在微量板上的位置（板號，行，和列），位置前面加上庫的縮寫(xiě)，來(lái)產(chǎn)生唯一的名字。包括了克隆定購的信息。
基因組圖譜
Entrez基因組 — 鏈接到人類(lèi)基因組測序站點(diǎn)的人類(lèi)染色體視圖。Entrez基因組同時(shí)包括了一個(gè)人類(lèi)線(xiàn)粒體的視圖（通過(guò)真核細胞器來(lái)訪(fǎng)問(wèn)），可以查看完整情況或查看逐步詳細的信息。
Entrez圖譜瀏覽器 — 整合的染色體圖譜—圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標記或基因名字互相align過(guò)的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過(guò)的序列圖譜。在人類(lèi)基因組數據和搜索技巧文件中有關(guān)于20種序列，細胞遺傳，遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明。
GeneMap’99 — 〉35000個(gè)人類(lèi)基因標記的物理圖譜，由國際放射雜交圖譜聯(lián)合用一致的RH試劑和方法建成。提供了突出了染色體上關(guān)鍵標志（富含基因區）的框架，從而加速了測序，代表了超過(guò)100名科學(xué)家的國際合作努力。
NCBI RH圖譜 — NCBI整合的RH圖譜，包括來(lái)自GeneMap’99的G3和GB4的RH單子上的23723個(gè)標記。這些標記相對于1084個(gè)框架標記（一個(gè)G3和GB4共同的子集）被繪制。所有的標記被統一在GB4的尺度上。R. Agarwala et al.的文章提供了詳細的整合策略，以及評估整合圖譜質(zhì)量的方法。
Mitelman癌癥染色體變異摘要 — 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組范圍的人類(lèi)癌癥中染色體斷裂位點(diǎn)圖譜。參見(jiàn)Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
OMIM基因圖 — 被報道的和被許多定位方法決定的基因的細胞遺傳位點(diǎn)?？梢杂没虼柣蚣毎z傳染色體位點(diǎn)來(lái)搜索?？梢詮腛MIM頁(yè)面上訪(fǎng)問(wèn)。
OMIM致病圖 — 按字母排列的疾病和相應的細胞遺傳圖位點(diǎn)，鏈接到OMIM的條目?？梢詮腛MIM頁(yè)面訪(fǎng)問(wèn)。
人類(lèi)/小鼠同源圖 —University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區段DNA上基因的表，按在每個(gè)基因組上的位置排列。
繪制的標記
dbSTS —序列標簽位點(diǎn)的數據庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，因而可以確定在物理圖譜上的特定位置。
電子PCR（e-PCR） — 找到一個(gè)查詢(xún)序列的假設位點(diǎn)圖。用于在DNA序列上發(fā)現STS位點(diǎn)計算過(guò)程。
GeneMap’99 — 〉35000個(gè)人類(lèi)基因標記的物理圖譜，由國際放射雜交圖譜聯(lián)合用一致的RH試劑和方法建成。提供了突出了染色體上關(guān)鍵標志（富含基因區）的框架，從而加速了測序，代表了超過(guò)100名科學(xué)家的國際合作努力。
人類(lèi)基因組測序 — 繪制的標記已經(jīng)用e-PCR自動(dòng)被放到完成的HTG序列組成的contig上。標記來(lái)源于dbSTS, GeneMap'99（基于基因的標記），Stanford G3 RH單子（又有基因標記也有非基因標記），Whitehead GB4 RH單子和YAC圖譜（又有基因標記也有非基因標記），Genethon遺傳圖譜，和一些染色體特異的圖譜，如NHGRI的7號染色體圖譜，Washington University的X染色體圖譜。
OMIM基因圖 — 被報道的和被許多定位方法決定的基因的細胞遺傳位點(diǎn)?？梢杂没虼柣蚣毎z傳染色體位點(diǎn)來(lái)搜索?？梢詮腛MIM頁(yè)面上訪(fǎng)問(wèn)。
基因表達
CGAP cDNA表達譜 — 在UniGene簇和cDNA庫中的ESTs分布?？梢栽贑GAP頁(yè)面上訪(fǎng)問(wèn)。
SAGEmap — CGAP SAGE（Serial Analysis of Gene Expression）庫的差異顯示。也包含了對在人類(lèi)GenBank記錄中的SAGE標簽的完整分析，在人類(lèi)GenBank記錄中一個(gè)UniGene的標志被分配給了每個(gè)含有一個(gè)SAGE標簽的人類(lèi)序列
遺傳變異
dbSNP — 單核苷酸多態(tài)性數據庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復單元，和微衛星變異。DbSNP包含種族特異的頻率和基因型數據，實(shí)驗條件，分子上下文，及中性多態(tài)和臨床變異的定位信息。
OMIM — 在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳—約900個(gè)OMIM記錄的等位變異。為了查看這些OMIM記錄的列表，在等位變異字段上搜索“
位點(diǎn)特異突變數據庫 — 從OMIM主頁(yè)和相關(guān)的LocusLink條目鏈接到許多外部數據庫。
失調
基因和疾病 — 介紹遺傳因素和人類(lèi)疾病的關(guān)系。有約60種遺傳疾病的概要信息，以及鏈接到相關(guān)數據庫和組織。
Mitelman癌癥染色體變異摘要 — 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組范圍的人類(lèi)癌癥中染色體斷裂位點(diǎn)圖譜。參見(jiàn)Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
OMIM — 在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳—經(jīng)常更新的人類(lèi)基因和遺傳失調的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻參考，序列記錄，和相關(guān)數據庫。
OMIM Morbid Map - alphabetical listing of diseases and corresponding cytogenetic map locations, with links to OMIM entries. Accessible from OMIM page (see Genes).
OMIM致病圖 — 按字母排列的疾病和相應的細胞遺傳圖位點(diǎn)，鏈接到OMIM的條目?？梢詮腛MIM頁(yè)面訪(fǎng)問(wèn)。
癌癥研究
CCAP — 癌癥染色體變異計劃—計劃用來(lái)加速同惡性轉移相關(guān)的顯著(zhù)染色體變異的定義和詳細的特征描述。
CGAP — 癌癥基因組剖析計劃 — 交叉學(xué)科項目，目的是基于cDNA庫，鑒定在不同癌癥階段的人類(lèi)基因表達，和決定正常，癌前和惡性細胞的分子表達譜。是NCI，NCBI和其它許多實(shí)驗室的合作。
Mitelman癌癥染色體變異摘要 — 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因組范圍的人類(lèi)癌癥中染色體斷裂位點(diǎn)圖譜。參見(jiàn)Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
SAGE分析 — 在癌癥庫中的SAGE標簽的差異表達
NCBI站點(diǎn)地圖---其他基因組數據介紹
小鼠基因組
小鼠基因組資源向導 — 把從各個(gè)中心來(lái)的各種小鼠相關(guān)的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。
小鼠基因組測序 — 小鼠基因組計劃的測序進(jìn)展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來(lái)瀏覽）由測序中心的數據建立，可以contig或染色體的形式來(lái)下載。
小鼠UniGene — 被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
位點(diǎn)鏈接（LocusLink） — 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
Entrez —包括了來(lái)自〉70000個(gè)物種的序列數據，可以用物種字段來(lái)限制記錄只在小鼠搜索。
人類(lèi)/小鼠同源圖 —University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區段DNA上基因的表，按在每個(gè)基因組上的位置排列。
大鼠基因組
大鼠UniGene —被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
位點(diǎn)鏈接（LocusLink） — 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
斑馬魚(yú)基因組
斑馬魚(yú)UniGene —被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
位點(diǎn)鏈接（LocusLink） — 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
果蠅基因組
黑腹果蠅主頁(yè) — 提供所有可使用的果蠅資源的概要，用圖形的方式顯示了染色體，允許你通過(guò)Entrez基因組瀏覽器的方法來(lái)搜索整個(gè)基因組的細胞遺傳和序列信息。Entrez基因組提供了對于一個(gè)物種一致的遺傳，物理，和序列數據的圖形界面。當你用一個(gè)基因的代號來(lái)搜索時(shí)，它給出搜索結果的一個(gè)圖形的基因組視圖，從那你可以放大到你所感興趣的區域的更詳細的圖譜視圖，并且鏈接到序列數據和包含更多信息的相關(guān)資源。
黑腹果蠅基因組測序的狀態(tài) —描述了目前在GenBank，Entrez Genomes，和FTP站點(diǎn)中的數據的范圍
Entrez圖譜瀏覽器 — 整合的染色體圖譜—圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標記或基因名字互相align過(guò)的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過(guò)的序列圖譜。在人類(lèi)基因組數據和搜索技巧文件中有關(guān)于目前可以使用的果蠅的序列和細胞遺傳學(xué)圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明。
位點(diǎn)鏈接（LocusLink） — 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
線(xiàn)蟲(chóng)基因組
Entrez基因組 — 染色體的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。
酵母基因組
Entrez基因組 — 染色體的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。
COGs — 相鄰類(lèi)的聚簇 — 來(lái)自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個(gè)主要的種系發(fā)生系統。每個(gè)COG包含至少來(lái)自3個(gè)世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體，所以對應了一個(gè)古老的保守domain。
瘧原蟲(chóng)基因組
瘧原蟲(chóng)遺傳學(xué)和基因組 — 提供與瘧原蟲(chóng)遺傳學(xué)和基因相關(guān)的數據和信息。資源包括物種特異的序列BLAST數據庫（惡性瘧原蟲(chóng)，所有瘧原蟲(chóng)，以及弓形蟲(chóng)），基因組圖譜，連鎖標記，以及遺傳學(xué)研究信息。鏈接到其他的瘧原蟲(chóng)網(wǎng)站和相關(guān)的寄生蟲(chóng)遺傳學(xué)數據庫包括弓形蟲(chóng)。
Entrez基因組 — 惡性瘧原蟲(chóng)的染色體全長(cháng)的圖形視圖，完整的染色體序列數據（2和3），鏈接到正在進(jìn)行的染色體的分離數據表（來(lái)自于HB3 X Dd2雜交的染色體），鏈接到其他基因組測序中心。
FTP站點(diǎn) （pub/Malaria目錄）— 用于查找在DNA序列中STS的電子PCR瘧原蟲(chóng)版。
FTP站點(diǎn) (genbank/genomes 目錄) — 下載各種格式的完整的染色體序列數據（2和3），包括GenBank的flat file (*.gbk)，GenBank的概要文件(*.gbs)，FASTA核酸文件（*.fna），FASTA氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其他。
細菌基因組
Entrez基因組 — 完整細菌基因組的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。對每一個(gè)細菌都提供了一個(gè)編碼區域的概要和TaxTable。
微生物基因組測序計劃 — 完成的和正在進(jìn)行的測序計劃，鏈接到NCBI的圖形視圖和測序中心。
COGs — 相鄰類(lèi)的聚簇 — 來(lái)自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個(gè)主要的種系發(fā)生系統。每個(gè)COG包含至少來(lái)自3個(gè)世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體，所以對應了一個(gè)古老的保守domain。
FTP站點(diǎn)— 下載各種格式的完整的細菌染色體序列數據，包括GenBank的flat file (*.gbk)，GenBank的概要文件(*.gbs)，FASTA核酸文件（*.fna），FASTA氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其他。
微生物基因組BLAST數據庫 — 與完成的和未完成的微生物基因組進(jìn)行BLAST。
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