NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美國國家生物技術(shù)信息中心
[url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/[/url]
NCBI是NIH的國立醫學(xué)圖書(shū)館（NLM）的一個(gè)分支。
NCBI提供檢索的服務(wù)包括：
1．GenBank（NIH遺傳序列數據庫）：一個(gè)可以公開(kāi)獲得所有的DNA序列的注釋過(guò)的收集。GenBank是由NCBI受過(guò)分子生物學(xué)高級訓練的工作人員通過(guò)來(lái)自各個(gè)實(shí)驗室遞交的序列和同國際核酸序列數據庫（EMBL和DDBJ）交換數據建立起數據庫的。它同日本和歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。這三個(gè)組織每天交換數據。其中的數據以指數形式增長(cháng)，最近的數據為它已經(jīng)有來(lái)自47000個(gè)物種的30億個(gè)堿基。
2．Molecular Databases（分子數據庫）：
Nucleotide Sequence（核酸序列庫）：從NCBI其他如Genbank數據庫中收集整理核酸序列，提供直接的檢索。
Protein Sequence （蛋白質(zhì)序列庫）：與核酸類(lèi)似，也是從NCBI多個(gè)不同資源中編譯整理的，方便研究者的直接查詢(xún)。
Structure（結構）-—— 關(guān)于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪(fǎng)問(wèn)三維蛋白質(zhì)結構的分子模型數據庫（MMDB）和用來(lái)搜索和顯示結構的相關(guān)工具。MMDB：分子模型數據庫 — 一個(gè)關(guān)于三維生物分子結構的數據庫，結構來(lái)自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。
Taxonomy（分類(lèi)學(xué)）——NCBI的分類(lèi)數據庫，包括大于7萬(wàn)余個(gè)物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數據庫中有一條核酸或蛋白序列。其目的是為序列數據庫建立一個(gè)一致的種系發(fā)生分類(lèi)學(xué)。
3．Literature Databases（文獻數據庫）
（1）PubMed是NLM提供的一項服務(wù)，能夠對MEDLINE上超過(guò)1200萬(wàn)條的上世紀六十年代中期至今的雜志引用和其他的生命科學(xué)期刊進(jìn)行訪(fǎng)問(wèn)，并可以連接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò )站點(diǎn)的全文文章和其他相關(guān)資源。
（2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科學(xué)期刊文獻的數字化存儲數據庫，用戶(hù)可以免費獲取PMC的文章全文，除了部分期刊要求對近期的文章付費。
（3）OMIM（孟德?tīng)柸祟?lèi)遺傳）：有關(guān)人類(lèi)基因和無(wú)序基因的目錄數據庫由Victor A.McKusick和他的同事共同創(chuàng )造和編輯的，由NCBI網(wǎng)站負責開(kāi)發(fā)，其中也包括對MEDINE眾多資源和Entrez系統的序列記錄，以及NCBI中其他有關(guān)資源的鏈接。
（4）Books：NCBI的書(shū)庫不斷收集生物醫學(xué)方面的書(shū)籍，提供這些書(shū)籍的出版信息、摘要、目錄和全文的連接，用戶(hù)可以直接在檢索文本框內輸入一個(gè)觀(guān)念就可以查詢(xún)。
4．NCBI提供的附加的軟件工具有：
開(kāi)放閱讀框尋覓器（ORF Finder），電子PCR，和序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI數據庫和軟件工具可以從WWW或FTP來(lái)獲得。NCBI還有E-mail服務(wù)器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪(fǎng)問(wèn)數據庫一種可選方法。 NCBI網(wǎng)站上還提供了一些諸如研究熱點(diǎn)問(wèn)題、研究小組情況、教育培訓、聯(lián)系方式等信息，還提供了到NIH、NLM等的鏈接。
使用方法:
用戶(hù)可以免費登陸NCBI的網(wǎng)站，NCBI為使用者提供了方便的檢索系統和檢索方法：
1．Entrez是NCBI為用戶(hù)提供整合所有數據庫的訪(fǎng)問(wèn)序列，定位，分類(lèi)，和結構數據的搜索和檢索工具系統，同時(shí)也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。用戶(hù)進(jìn)入系統或者進(jìn)入任意一個(gè)數據庫，都會(huì )看到簡(jiǎn)單檢索的界面，選擇數據庫輸入關(guān)鍵詞即可進(jìn)行查詢(xún)。Entrez也提供條件限制和高級檢索、布爾邏輯查詢(xún)。使用新的Linkout服務(wù)，外部資源可以被鏈接到Entrez記錄。
2．BLAST是一個(gè)NCBI開(kāi)發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLAST能夠在小于15秒的時(shí)間內對整個(gè)DNA數據庫執行序列搜索。
NCBI Education
[url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html[/url]
網(wǎng)址詳情:
這是NCBI在線(xiàn)教育資源的索引頁(yè)，從這里出發(fā)你會(huì )找到NCBI提供的教學(xué)資源，這些教程不僅囊括了NCBI網(wǎng)站提供的最常用的工具和數據庫（BLAST， Entrez， PubMed， NCBI News，Resource publications ，Map Viewer exercises，Structure ，NCBI Handbook）的使用方法和信息,還有一些相關(guān)的分子生物學(xué)的基礎入門(mén)知識(NCBI science primer…)。
教程大多不僅有文字圖片還有動(dòng)畫(huà)，直觀(guān)易懂，目的就是一個(gè)讓大家盡可能快而有效的掌握好NCBI的使用，在這個(gè)聚寶盆里淘到真金。
當然您如果想對所有NCBI的數據庫和工具有更透徹深入的了解，請絕對不要錯過(guò)共24章的NCBI手冊(NCBI Handbook)
[url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook[/url]
小何 2007-9-7 09:20
GenBank數據庫簡(jiǎn)介
[color=green][i]不錯的內容，我來(lái)補充下[/i][/color][color=red]GenBank數據庫簡(jiǎn)介[/color]
[b]基本信息 ：[/b]
1. GenBank屬于一個(gè)序列數據庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數據庫，一個(gè)所有可以公開(kāi)獲得的DNA序列的注釋過(guò)的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。唯一人類(lèi)基因序列集合（UniGene），人類(lèi)基因組基因圖譜，分類(lèi)學(xué)瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃（CGAP）等數據庫。GenBank以指數形式增長(cháng)，核酸堿基數目大概每14個(gè)月就翻一個(gè)倍。
2. 紀錄樣本 – 關(guān)于GenBank的各個(gè)字段的詳細描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
3. 訪(fǎng)問(wèn)GenBank – 通過(guò)Entrez Nucleotides來(lái)查詢(xún)。用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)查詢(xún)。關(guān)于Entrez更多的信息請看下文。用BLAST來(lái)在GenBank和其他數據庫中進(jìn)行序列相似搜索。用E-mail來(lái)訪(fǎng)問(wèn)Entrez和BLAST可以通過(guò)Query和BLAST服務(wù)器。另外一種選擇是可以用FTP下載整個(gè)的GenBank和更新數據。
4. 增長(cháng)統計 – 參見(jiàn)公布通知的2.2.6（每個(gè)分類(lèi)的統計），2.2.7（每個(gè)物種的統計），2.2.8（GenBank增長(cháng)）小節。
5. 公布通知，最新 – 最近和即將有的變化，GenBank的分類(lèi)，數據增長(cháng)統計，GenBank的引用。
6. 公布通知，舊 – 同上相同，是過(guò)去公布的統計。
7. 遺傳密碼 – 15個(gè)遺傳密碼的概要。用來(lái)確保GenBank中紀錄的編碼序列被正確的翻譯。
[b]向GenBank提交數據 ：[/b]
1. 關(guān)于提交序列數據，收到accession number，和對紀錄作更新的一般信息。
2. BankIt – 用于一條或者少數條提交的基于WWW的提交工具軟件。（請在提交前用VecScreen去除載體）
3. Sequin – 提交軟件程序，用于一條或者很多條的提交，長(cháng)序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變研究的提交?？梢元毩⑹褂?，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以鏈接到其他NCBI的資源和軟件比如Entrez和PowerBLAST。（請在提交前用VecScreen去除載體）
4. ESTs – 表達序列標簽，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來(lái)自于差異顯示和RACE實(shí)驗的cDNA序列。
5. GSSs – 基因組調查序列，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
6. HTGs – 來(lái)自于大規模測序中心的高通量基因組序列，未完成的（階段0，1，2）和完成的（階段3）序列。（注意：完成的人類(lèi)的HTG序列可以同時(shí)在GenBank和Human Genome Sequencing頁(yè)面上訪(fǎng)問(wèn)。）
7. STSs – 序列標簽位點(diǎn)。短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。
8. 注：SNPs – 人類(lèi)的和其他物種的遺傳變異數據可以提交到NCBI數據庫的單核苷酸多態(tài)性庫中（dbSNP）。
[b]國際核苷酸序列數據庫合作組織 ：[/b]
1. GenBank，DDBJ，EMBL – 合作計劃的概述，并鏈接到相應的主頁(yè)。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）數據庫共享的數據是每天都交換的，因此他們是相等的。數據紀錄的格式和搜索方式可能會(huì )不一樣，但是accession number，序列數據和注解都是一模一樣的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應紀錄，得到的結果是完全一樣的序列數據，參考內容等等
2. DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 — 特性表格式和標準被合作數據庫用在序列記錄的注釋上，使得數據共享成為可能，包括詳細的描述生物特性和特性限定語(yǔ)的附錄，以及IUPAC規定的核苷酸和氨基酸的代號。
[b]FTP GenBank and Daily Updates：[/b]
1. GenBank普通文件格式 — 參見(jiàn)GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
3. FASTA格式 — 定義行號后只跟隨序列數據（示例），參見(jiàn)描述數據庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸數據庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白質(zhì)），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
[b]分子數據庫：[/b]
1. 核酸序列
1、 Entrez核酸： 用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜索核酸序列記錄（在GenBank + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見(jiàn)下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
2、 RefSeq ： NCBI數據庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。
3、 dbEST ：表達序列標簽數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來(lái)自于差異顯示和RACE實(shí)驗的cDNA序列。
4、 dbGSS ：基因組調查序列的數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
5、 dbSTS ：序列標簽位點(diǎn)的數據庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。
6.、 dbSNP ：?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性數據庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復單元，和微衛星變異。
2. 完整的基因組 ：
1、 參見(jiàn)下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。
2、 發(fā)UniGene ： 被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的人類(lèi)基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載。
1) 人類(lèi)：UniGene
2) 小鼠：UniGene
3) 大鼠：UniGene
4) 斑馬魚(yú)：UniGene
3、 BLAST ：將你的序列同核酸庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相似搜索部分）
[b]蛋白序列 ：[/b]
1、 Entrez蛋白 ：用accession number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜索蛋白序列記錄（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的關(guān)于Entrez的信息見(jiàn)下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。Curated, 非冗余集合包括基因組DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。 FTPGenPept — 下載“genpept.fsa.Z”文件，這個(gè)文件包含了從GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過(guò)來(lái)的FASTA格式的氨基酸序列，這些記錄都有一到兩個(gè)CDS特性的描述。
2、 完整基因組 ：參見(jiàn)下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。
1) Entrez基因組 ：提供了一個(gè)編碼區的概要和各種物種的分類(lèi)表（TaxTable）。編碼區概要列出了在基因組中所有的的蛋白，并提供鏈接到FASTA文件和BLAST。分類(lèi)表總結了蛋白BLAST分析的結果，建議他們的可能功能，并用顏色編碼的圖來(lái)顯示物種同其它物種之間的關(guān)系（參見(jiàn)下面’Genomes和Maps,’部分Entrez基因組的一般描述）
2) FTP基因組蛋白 ：從ftp站點(diǎn)的genbank/genomes目錄下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。參見(jiàn)readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。
3、 PROW ： Web上的蛋白資源，關(guān)于大約200種人類(lèi)的CD細胞表面分子的簡(jiǎn)短官方向導?；ハ鄼z索，為每個(gè)CD抗原提供大約20中標準信息的分類(lèi)（生化功能，配體，等等）
4、 BLAST ： 將你的序列同蛋白庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相似搜索部分）
[b]結構： [/b]
1、 結構主頁(yè) — 關(guān)于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪(fǎng)問(wèn)分子模型數據庫（MMDB）和用來(lái)搜索和顯示結構的相關(guān)工具。
2、 MMDB：分子模型數據庫 — 一個(gè)關(guān)于三維生物分子結構的數據庫，結構來(lái)自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來(lái)源于Brookhaven蛋白數據庫（PDB）三維結構的一部分，排除了那些理論模型。MMDB重新組織和驗證了這些信息，從而保證在化學(xué)和大分子三維結構之間的交叉參考。數據的說(shuō)明書(shū)包括生物多聚體的空間結構，這個(gè)分子在化學(xué)上是如何組織的，以及聯(lián)系兩者的一套指針。利用將化學(xué)，序列，和結構信息整合在一起，MMDB計劃成為基于結構的同源模型化和蛋白結構預測的資源服務(wù)。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage來(lái)顯示。另外，數據庫中類(lèi)似的結構已經(jīng)被用VAST確認，新的結構可以用VASTsearch來(lái)同數據庫進(jìn)行比較。
3、 Cn3D — “See in 3-D”， 一個(gè)用于NCBI數據庫的結構和序列相似顯示工具，它允許觀(guān)察3-D結構和序列—結構或結構—結構同源比較。Cn3D用起來(lái)就象你瀏覽器上的一個(gè)幫助工具。
4、 VAST — 矢量同源比較搜索工具—一個(gè)在NCBI開(kāi)發(fā)的計算算法，用于確定相似的蛋白三維結構。每一個(gè)結構的“結構鄰居”都是預先計算好的，而且可以通過(guò)MMDB的結構概要頁(yè)面的鏈接訪(fǎng)問(wèn)。這些鄰居可以用來(lái)確認那些不能被序列比較識別的遠的同源性。
5、 VAST 搜索 — 結構—結構相似搜索服務(wù)。比較一個(gè)新解出的蛋白結構和在MMDB/PDB數據庫中的結構的三維坐標。VAST搜索計算一系列可能會(huì )被交互瀏覽的結構鄰居，用分子圖形來(lái)觀(guān)察重疊和同源相似。
[b]分類(lèi)學(xué) ：[/b]
1、 NCBI的分類(lèi)數據庫主頁(yè) — 關(guān)于分類(lèi)計劃的一般信息，包括分類(lèi)資源和同NCBI分類(lèi)學(xué)家合作的外部管理者的列表。
2、 分類(lèi)瀏覽器 — 搜索NCBI的分類(lèi)數據庫，包括大于70000個(gè)物種的名字和種系，這些物種都至少在遺傳數據庫中有一條核酸或蛋白序列?？梢詸z索一個(gè)特定種或者更高分類(lèi)（如屬，科）的核酸，蛋白，和結構記錄。如果有新物種的序列數據被放到數據庫中，這個(gè)物種就北加到（分類(lèi)）數據庫中。NCBI的分類(lèi)數據庫的目的是為序列數據庫建立一個(gè)一致的種系發(fā)生分類(lèi)學(xué)。
[b]文獻數據庫概要 ：[/b]
1、 PubMed — 一個(gè)關(guān)于生物醫藥科學(xué)的檢索系統，包括引用，摘要，和雜志的索引術(shù)語(yǔ)。它包括直接由出版商提供給NCBI的文獻引用以及鏈接到在出版商網(wǎng)址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內容。它還包括一些被MEDLINE認為超出范圍的文章和雜志，（這些文章或雜志）由于內容或在某一時(shí)期不在索引范圍內。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。
2、 雜志瀏覽器 — 允許你去查找收錄到PubMed系統的雜志的名字，MEDLINE的縮寫(xiě)，或ISSN號碼。
3、 PubRef（開(kāi)發(fā)中）— 一個(gè)關(guān)于來(lái)自于廣大范圍的科學(xué)雜志的數目記錄，和鏈接到出版商網(wǎng)址的全文。PubRef包含了PubMEd，加上了來(lái)自其它學(xué)科的雜志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。這個(gè)計劃的啟動(dòng)是因為NAS要求為科學(xué)領(lǐng)域的核心刊物提供一個(gè)“白皮書(shū)”服務(wù)。
4、 PubMed中心（開(kāi)發(fā)中） — PubMed中心是一個(gè)無(wú)障礙的NIH資源，用于在生命科學(xué)領(lǐng)域中同業(yè)互查的基礎研究報告。從2000年一月開(kāi)始接受雜志文章。所有在PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引服務(wù)中列出的雜志提供，或者在編輯委員會(huì )中擁有3個(gè)以上有主要資金機構的研究經(jīng)費的擁有人的雜志提供。
5、 OMIM — 在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳—經(jīng)常更新的人類(lèi)基因和遺傳失調的目錄，有鏈接到其它相關(guān)的文獻參考，序列記錄，和相關(guān)數據庫。
6、 書(shū)籍 — 同書(shū)籍出版商合作NCBI為網(wǎng)絡(luò )改編了教科書(shū)，并把他們鏈接到PubMed—生物醫藥書(shū)目數據庫。這是為了給PubMed提供背景信息，這樣使用者可以探究在PubMed搜索結果中不熟悉的概念。目前收錄的書(shū)有：
7、 Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing.
8、 外部鏈接 — 一個(gè)登記服務(wù)，用于建立從在Entrez中的特定的文章，雜志，或生物數據到外部網(wǎng)址的鏈接。第三方可以提供一個(gè)URL，資源名字，關(guān)于他們網(wǎng)址的簡(jiǎn)要的描述，和關(guān)于從NCBI數據的哪里他們希望建立鏈接的詳細說(shuō)明。這個(gè)詳細說(shuō)明可以用對Entrez有效的布爾查詢(xún)來(lái)寫(xiě)，也可以用特定的文章或序列的標志列表來(lái)寫(xiě)。這樣NCBI PubMed的用戶(hù)將可以通過(guò)“NCBI小房間”服務(wù)（開(kāi)發(fā)中）來(lái)選擇哪個(gè)外部鏈接在他們的搜索中是可見(jiàn)的。
9、 引用匹配 — 允許你找到任何一篇在PubMed數據庫中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID，給出書(shū)目信息（雜志，卷，頁(yè)碼等）。
10、 單篇文章的引用匹配。
11、 許多文章的批量引用匹配。
12、 E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或許多文章。如果要獲得幫助文件，給[email=citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov]citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov[/email]寫(xiě)一封只有內容為HELP的E-Mail。
[b]Genomes and Maps Overview：[/b]
1、 Entrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，細菌，病毒，viroids，質(zhì)粒，和真核細胞器。
2、 Entrez基因組（各種物種）
3、 Entrez基因組 — 超過(guò)800種在GenBank中被完整測序的物種，包括大于500種病毒，〉25種細菌，酵母，和許多viroids，質(zhì)粒，和細胞器。還包括正在進(jìn)行中的基因組，比如人，小鼠，線(xiàn)蟲(chóng)，瘧原蟲(chóng)，果蠅，利什曼原蟲(chóng)，水稻，和玉米。提供完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細化的區域。也提供那些已經(jīng)被NCBI工作人員分析過(guò)的物種的編碼區的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，提供整合的果蠅（細胞遺傳學(xué)和序列圖譜）和人類(lèi)（細胞遺傳學(xué)，遺傳連鎖，序列，放射雜交，和其它圖譜）的染色體圖譜的瀏覽。
4、 通過(guò)每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面來(lái)下載〈350kb的基因組。
5、 通過(guò)NCBI ftp站點(diǎn)來(lái)下載〉350kb的基因組—參見(jiàn)在genbank/genomes目錄下的readme文件，ftp鏈接在每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面上也有。
[b]NCBI站點(diǎn)地圖—其他基因組數據介紹：[/b]
1、 小鼠基因組
1) 小鼠基因組資源向導 ：把從各個(gè)中心來(lái)的各種小鼠相關(guān)的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。
2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進(jìn)展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來(lái)瀏覽）由測序中心的數據建立，可以contig或染色體的形式來(lái)下載。
3) 小鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
4) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink） ：為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
5) Entrez ：包括了來(lái)自〉70000個(gè)物種的序列數據，可以用物種字段來(lái)限制記錄只在小鼠搜索。
6) 人類(lèi)/小鼠同源圖 ：University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區段DNA上基因的表，按在每個(gè)基因組上的位置排列。
2、 大鼠基因組
1) 大鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
2) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink）：為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
3、 斑馬魚(yú)基因組
1) 斑馬魚(yú)UniGene ：被整理成簇的EST和全長(cháng)mRNA序列，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設的基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數據可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene目錄下下載
2) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink） ：為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
4、 果蠅基因組
1) 黑腹果蠅主頁(yè) ： 提供所有可使用的果蠅資源的概要，用圖形的方式顯示了染色體，允許你通過(guò)Entrez基因組瀏覽器的方法來(lái)搜索整個(gè)基因組的細胞遺傳和序列信息。Entrez基因組提供了對于一個(gè)物種一致的遺傳，物理，和序列數據的圖形界面。當你用一個(gè)基因的代號來(lái)搜索時(shí)，它給出搜索結果的一個(gè)圖形的基因組視圖，從那你可以放大到你所感興趣的區域的更詳細的圖譜視圖，并且鏈接到序列數據和包含更多信息的相關(guān)資源。
2) 黑腹果蠅基因組測序的狀態(tài) ：描述了目前在GenBank，Entrez Genomes，和FTP站點(diǎn)中的數據的范圍
3) Entrez圖譜瀏覽器 ：整合的染色體圖譜—圖譜瀏覽器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成部分，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標記或基因名字互相align過(guò)的圖譜，以及用相同序列進(jìn)行比較過(guò)的序列圖譜。在人類(lèi)基因組數據和搜索技巧文件中有關(guān)于目前可以使用的果蠅的序列和細胞遺傳學(xué)圖譜。Entrez圖譜瀏覽器的幫助文件提供了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明。
4) 位點(diǎn)鏈接（LocusLink）： 為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息提供一個(gè)單次查詢(xún)界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)發(fā)布一個(gè)穩定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLink是NCBI，人類(lèi)基因命名委員會(huì )，OMIM和其它組織的合作結果。LocusLink目前包含人類(lèi)，小鼠，大鼠，斑馬魚(yú)，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開(kāi)或合在一起查詢(xún)。
5、 線(xiàn)蟲(chóng)基因組
Entrez基因組：染色體的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。
6、 酵母基因組
1) Entrez基因組 ：染色體的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。
2) COGs ：相鄰類(lèi)的聚簇 — 來(lái)自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個(gè)主要的種系發(fā)生系統。每個(gè)COG包含至少來(lái)自3個(gè)世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體，所以對應了一個(gè)古老的保守domain。
7、 瘧原蟲(chóng)基因組
1) 瘧原蟲(chóng)遺傳學(xué)和基因組：提供與瘧原蟲(chóng)遺傳學(xué)和基因相關(guān)的數據和信息。資源包括物種特異的序列BLAST數據庫（惡性瘧原蟲(chóng)，所有瘧原蟲(chóng)，以及弓形蟲(chóng)），基因組圖譜，連鎖標記，以及遺傳學(xué)研究信息。鏈接到其他的瘧原蟲(chóng)網(wǎng)站和相關(guān)的寄生蟲(chóng)遺傳學(xué)數據庫包括弓形蟲(chóng)。
2) Entrez基因組 — 惡性瘧原蟲(chóng)的染色體全長(cháng)的圖形視圖，完整的染色體序列數據（2和3），鏈接到正在進(jìn)行的染色體的分離數據表（來(lái)自于HB3 X Dd2雜交的染色體），鏈接到其他基因組測序中心。
3) FTP站點(diǎn) （pub/Malaria目錄）：用于查找在DNA序列中STS的電子PCR瘧原蟲(chóng)版。
4) FTP站點(diǎn) (genbank/genomes 目錄)：下載各種格式的完整的染色體序列數據（2和3），包括GenBank的flat file (*.gbk)，GenBank的概要文件(*.gbs)，FASTA核酸文件（*.fna），FASTA氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其他。
8、 細菌基因組
1) Entrez基因組 — 完整細菌基因組的圖形表示，可以整個(gè)的查看，也可以逐步放大的看。鏈接到相關(guān)的序列數據。對每一個(gè)細菌都提供了一個(gè)編碼區域的概要和TaxTable。
2) 微生物基因組測序計劃：完成的和正在進(jìn)行的測序計劃，鏈接到NCBI的圖形視圖和測序中心。
3) COGs :相鄰類(lèi)的聚簇 — 來(lái)自于完整基因組的基因家族自然系統。COGs用比較21種完整的基因組的編碼的蛋白序列描繪了17個(gè)主要的種系發(fā)生系統。每個(gè)COG包含至少來(lái)自3個(gè)世系的獨立蛋白或蛋白家族的相鄰體，所以對應了一個(gè)古老的保守domain。
4) FTP站點(diǎn): 下載各種格式的完整的細菌染色體序列數據，包括GenBank的flat file (*.gbk)，GenBank的概要文件(*.gbs)，FASTA核酸文件（*.fna），FASTA氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其他。
5) 微生物基因組BLAST數據庫 :與完成的和未完成的微生物基因組進(jìn)行BLAST
聯(lián)系客服
