一般納稅人與小規模納稅人的計稅方法不同，使得這兩類(lèi)納稅人的增值額相同而增值稅稅負不同。
計稅方法。一般納稅人采用購進(jìn)扣稅法，按17%、13%的稅率計稅，基本計算公式為：
當期應納稅額 = 當期銷(xiāo)項稅額－當期進(jìn)項稅額
=銷(xiāo)售額×稅率 －購進(jìn)額×稅率
=（銷(xiāo)售額－購進(jìn)額）×稅率
=增值額×稅率
=銷(xiāo)售額×增值率×稅率
增值率 =（銷(xiāo)售額 －購進(jìn)額）÷銷(xiāo)售額
這里的增值率相當商業(yè)企業(yè)的銷(xiāo)售毛利率。
而商業(yè)企業(yè)小規模納稅人不按一般納稅人的規定計算應納稅額，而是按照簡(jiǎn)易辦法計算納稅，即：對其銷(xiāo)售貨物或應稅勞務(wù)，以其銷(xiāo)售額乘以4%的征收率計算應納稅額，不得抵扣進(jìn)項稅額，基本計算公式為：
應納稅額 =銷(xiāo)售額×征收率。
小規模納稅人的稅負明顯高于一般納稅人。小規模納稅人與一般納稅人發(fā)生相同的購銷(xiāo)業(yè)務(wù)，前者增值稅稅負重。假設某企業(yè)從一般納稅人處購入存貨，不含稅價(jià)為R，適用17%的稅率，以含稅價(jià)Rt銷(xiāo)售。
如果該企業(yè)屬于一般納稅人，那么:
其不含稅銷(xiāo)售價(jià)為:Rt/（1+17%），
進(jìn)銷(xiāo)差價(jià)為：[Rt/（1+17%）]－R，
銷(xiāo)售毛利率 ={[Rt/（1+17%）]－R}/[Rt/（1+17%）]
=1-1.17R/Rt
如果該企業(yè)屬于小規模納稅人，進(jìn)項稅額不準抵扣，那么:
其進(jìn)價(jià)為：R（1+17%），因為不能抵扣進(jìn)項稅額，按有關(guān)會(huì )計制度規定，進(jìn)項稅額計入所購貨物的成本。
不含稅銷(xiāo)售價(jià)為：Rt/（1+4%），
進(jìn)銷(xiāo)差價(jià)為：[Rt/（1+4%）]－[R（1+17%）]，
銷(xiāo)售毛利率 ={[Rt/（1+4%）]－[R（1+17%）]}/[Rt/（1+4%）]
=1-1.22R/Rt
因此，發(fā)生同樣購銷(xiāo)業(yè)務(wù)，小規模納稅人的銷(xiāo)售毛利率比一般納稅人低:
（1-1.17R/Rt）－（1－1.22R/Rt）=0.05R/Rt,
其增值稅稅負相對較重。特別是隨著(zhù)目前國內買(mǎi)方市場(chǎng)的出現，平均利潤率降低，一般納稅人的稅負可以隨著(zhù)增值率的下降而降低，而小規模納稅人的征收率是固定不變的，與其利潤率的升降無(wú)關(guān)，導致兩類(lèi)納稅人的稅負差異加大。
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