windows下，我的軟件都安裝在D盤(pán)，所以每次重做系統都是格式化C（系統），D（軟件），其他的不動(dòng)。linux下我一開(kāi)始也是如是考慮，后來(lái)慢慢發(fā)現我對linux的系統理解不能照搬windows（廢話(huà)……無(wú)奈當時(shí)慣性思維嚴重……）。linux里理論上，軟件可以隨便放在你要的地方，反正系統知道，不過(guò)大部分情況下，/usr和/home下都是好選擇（也是推薦的），一般軟件也都會(huì )在/etc（全局）或者/home/yourname（針對用戶(hù):yourname）下存放軟件的配置文件（有點(diǎn)像windows里一些軟件的配置存放在我的文檔里，很多游戲就這么做的）。
我個(gè)人把linux里的軟件分為兩類(lèi)，一類(lèi)是基礎包，一類(lèi)是應用軟件，linux就像積木，很多基礎包一層層依賴(lài)性的堆建起來(lái)，構建出一個(gè)平臺，應用軟件在這個(gè)平臺上運行。大部分基礎包我都用源直接apt安裝（針對Ubuntu，別的發(fā)行版沒(méi)怎么用過(guò)），應用軟件分情況，源里的夠好就apt，不夠好就自己編譯。
自己編譯的軟件我一般放在/usr/local/xxxx（xxxx是軟件名稱(chēng)）。如果是多用戶(hù)使用的機器，放在/home/yourname下可能更好吧。
下面針對你的問(wèn)題說(shuō)下，
/usr里確實(shí)裝不少軟件（或者叫包，庫什么的），不過(guò)不一定都在這里。
/home下都是各個(gè)用戶(hù)的主文件夾
重裝的時(shí)候，我一般格式化“/boot”，“/”這倆個(gè)。我的/home是單獨的一個(gè)分區，/boot是一個(gè)單獨的分區，/是一個(gè)單獨的分區。
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