1、性質(zhì)不同：科學(xué)院院士是科學(xué)技術(shù)方面的最高學(xué)術(shù)稱(chēng)號，而工程院院士是工程科學(xué)技術(shù)方面的最高學(xué)術(shù)稱(chēng)號。
2、方向不同：科學(xué)院院士主攻方向是理論方面，其成長(cháng)方式主要是通過(guò)重點(diǎn)綜合大學(xué)和科技大師的培養熏陶，而中國工程院院士主攻實(shí)踐方面，其成長(cháng)途徑，主要通過(guò)重點(diǎn)理工科大學(xué)培養和大量的工程技術(shù)實(shí)踐。
3、特點(diǎn)不同：科學(xué)院在各地都有分院，研究特定的方向和領(lǐng)域，也有大學(xué)。而工程院更像一個(gè)俱樂(lè )部性質(zhì)，管理分散在全國各地、各個(gè)不同單位的工程院院士。
注意事項：
根據新修訂的《中國工程院院士增選工作實(shí)施辦法》，從2013年開(kāi)始，將實(shí)行院士候選人單一渠道提名，即候選人本人只能接受院士、單位、全國性學(xué)會(huì )中的一種渠道進(jìn)行提名，并在提名書(shū)中簽字確認，不得接受重復提名，否則將作為無(wú)效候選人處理。
凡2007，2009，2011年已被提名至中國工程院和被推薦至中國科學(xué)院的有效候選人，兩院合計連續3次的，2013年必須停止1次被提名為中國工程院院士候選人的資格。
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