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益生菌可以維持胃腸道的正常菌群，通過(guò)競爭性抑制胃腸道上皮以及粘膜的可粘附部位，降低病原菌的定植水平，使得病原菌在腸道環(huán)境中不易定植存活，最終有效清除病原菌。

小腸內細菌較少，如果小腸上段的PH梯度上升，腸道運動(dòng)減弱時(shí)，小腸下段及結腸的致病菌如葡萄球菌、梭菌等出現上移，造成小腸細菌過(guò)度生長(cháng)。益生菌可以分泌乙酸及乳酸等，降低腸道的PH值，抑制部分病原菌的生長(cháng)。

益生菌能競爭性地消耗致病菌的營(yíng)養素，將腸腔內不消化的多糖，如低聚糖、非淀粉多糖、抗性淀粉等進(jìn)行發(fā)酵降解為短鏈脂肪酸，促進(jìn)腸上皮細胞生長(cháng)和分化，促進(jìn)調節性T細胞分化。因此，益生菌分泌的抗菌分子（短鏈脂肪酸、細菌素、小菌素）等，可以直接抑制特定病原菌的生長(cháng)。

腸粘膜相關(guān)淋巴組織占人體內70%的免疫細胞。益生菌能刺激腸道淋巴組織的發(fā)育，促進(jìn)分泌免疫球蛋白IgA（sIgA）,增強腸粘膜的屏障，阻止致病性菌群在粘膜表面附著(zhù)，啟動(dòng)天然免疫應答，增強腸粘膜淋巴組織抵御致病菌的入侵能力。所以，益生菌具有免疫調節作用，可以中和病原菌的促炎作用。