今天是第2330期日報。
Nature Metabolism[IF:19.865]
① 口服活性化合物（GMD）可改善高脂飲食誘導的ApoE-/-動(dòng)脈粥樣硬化小鼠的糖脂代謝，減輕動(dòng)脈硬化損傷；② GMD改變腸道菌群，使共生菌糞副擬桿菌（Pm）豐度上升420倍，并增強腸道支鏈氨基酸（BCAA）分解代謝；③ 給該模型小鼠口服補充Pm，可促進(jìn)腸道BCAA分解為支鏈短鏈脂肪酸，降低血液BCAA，抑制動(dòng)脈斑塊巨噬細胞mTORC1通路激活，發(fā)揮抗動(dòng)脈粥樣硬化作用；④ Pm的BCAA分解關(guān)鍵基因porA起介導作用，且動(dòng)脈粥樣硬化患者腸道菌群中缺乏Pm和porA；⑤ GMD和Pm可有效改善高脂飲食誘導的肥胖 胰島素抵抗的動(dòng)脈粥樣硬化，但對高膽固醇飲食造成的動(dòng)脈粥樣硬化效果不佳。
Gut Parabacteroides merdae protects against cardiovascular damage by enhancing branched-chain amino acid catabolism
10-17, doi: 10.1038/s42255-022-00649-y
【主編評語(yǔ)】Nature Metabolism最新發(fā)表了來(lái)自中科院微生物所劉宏偉和劉雙江團隊的研究成果，發(fā)現口服活性化合物GMD能通過(guò)提高腸道共生菌糞副擬桿菌（Parabacteroid merdaede）的水平，增強腸道支鏈氨基酸分解代謝，從而改善由高脂飲食誘導的肥胖小鼠的動(dòng)脈粥樣硬化。該研究揭示了腸道菌群介導的改善動(dòng)脈粥樣硬化的一種新機制，并為調控菌群改善心血管健康提供了新的干預策略。（@mildbreeze）
Nature Communications[IF:17.694]
① 慢性腎病患者和腎間質(zhì)纖維化（UUO）小鼠糞便中脆弱擬桿菌減少、血清1,5-脫水葡萄糖醇（1,5-AG）水平下降；② 口服脆弱擬桿菌可緩解UUO小鼠腎纖維化，改善腎功能；③ 脆弱擬桿菌上調UUO小鼠腎臟葡萄糖轉運蛋白SGLT2表達，增加其對底物1,5-AG的重吸收，1,5-AG上調并激活腎膽汁酸受體TGR5而抑制腎臟氧化應激；④ 脆弱擬桿菌也可降低血清脂多糖，或有助緩解腎臟炎癥；⑤ 中藥活性成分羥基積雪草苷可恢復UUO小鼠腸道脆弱擬桿菌豐度，緩解腎纖維化。
The gut microbe Bacteroides fragilis ameliorates renal fibrosis in mice
10-14, doi: 10.1038/s41467-022-33824-6
【主編評語(yǔ)】腎纖維化是慢性腎病中不可忽視的病理變化，造成腎臟功能的喪失與衰竭，最終發(fā)展為終末期腎臟病。目前尚缺乏有效的延緩或逆轉腎纖維化的治療方法。已有研究表明，腸道菌群失調與慢性腎病的發(fā)生發(fā)展有關(guān)，因此，腸道菌群或可用于慢性腎病的防治。近日，中國藥科大學(xué)中藥學(xué)院張之昊、譚寧華及其團隊在Nature Communications上發(fā)表文章，揭示了脆弱芽孢桿菌通過(guò)降低血清脂多糖和增加1,5-脫水葡萄糖醇（1,5-AG）水平緩解小鼠腎纖維化的新機制，或有助于為慢性腎病、腎纖維化的防治。（@芥末）
European Respiratory Journal[IF:33.795]
① 納入3032例接受機械通氣的危重患者進(jìn)行回顧性研究，其中1942人接受抗厭氧菌抗生素治療；② 早期抗厭氧菌抗生素暴露與更低的無(wú)呼吸機相關(guān)性肺炎生存率、無(wú)感染生存率和總生存率相關(guān)；③ 抗厭氧菌抗生素快速降低患者腸道細菌密度，但隨后卻伴隨顯著(zhù)增加菌群擴張，且以腸桿菌科占主導；④ 抗厭氧菌治療患者的呼吸道中腸桿菌科富集，腸桿菌科呼吸機相關(guān)肺炎發(fā)生率增加；⑤ 小鼠模型中，抗厭氧菌抗生素顯著(zhù)增加腸桿菌科肺炎易感性和高氧損傷致死性。
In critically ill patients, anti-anaerobic antibiotics increase risk of adverse clinical outcomes
10-13, doi: 10.1183/13993003.00910-2022
【主編評語(yǔ)】胃腸道微生物，包括厭氧微生物，在危重患者呼吸機相關(guān)性肺炎、多器官衰竭的發(fā)生中起重要作用。雖然臨床上通常會(huì )使用抗厭氧菌的抗生素，但尚缺少關(guān)于腸道厭氧菌耗竭對危重患者臨床結局影響的研究。近日，美國密歇根大學(xué)健康系統的Robert P. Dickson及其團隊在European Respiratory Journal上發(fā)表文章，在對3032例危重患者的回顧性研究中發(fā)現，早期使用抗厭氧菌抗生素治療與死亡率增加相關(guān)，并基于臨床數據和實(shí)驗證據，建議進(jìn)行慎重考慮危重患者的抗厭氧菌抗生素應用。（@芥末）
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 擴大培養小鼠腸道細菌菌株（miBC）至212株，所有菌株均可供公眾使用；② 對miBC進(jìn)行了分類(lèi)學(xué)研究，發(fā)現其具有菌株水平多樣性、小型細菌及未知的分類(lèi)群（包括1科、10屬和39種）；③ 利用miBC進(jìn)行合成菌群（SYN）預測，獲取菌群間的關(guān)鍵功能差異，尤其是發(fā)現與DSS誘導的結腸炎的耐藥性或易感性相關(guān)的菌群；④ 構建的OMM19.1模型可回補OMM12和SPF小鼠之間的表型差異，包括腸道及相關(guān)淋巴組織中的主體組分和免疫細胞，且OMM文庫可用于未來(lái)研究。
Enhanced cultured diversity of the mouse gut microbiota enables custom-made synthetic communities
10-07, doi: 10.1016/j.chom.2022.09.011
【主編評語(yǔ)】大量未知的微生物基因及其分類(lèi)限制了腸道菌群的研究，而通過(guò)培養腸道微生物有助于其分子和實(shí)驗研究。近日，發(fā)表在Cell Host & Microbe的這篇文章，發(fā)現小鼠腸道培養的細菌具有分類(lèi)學(xué)和功能多樣性，并利用miBC菌株對微生物-宿主相互作用進(jìn)行模塊化功能研究的概念驗證實(shí)驗，發(fā)現某些細菌在調節宿主免疫反應中具有直接作用，并為研究特異性的小鼠腸道細菌合成菌群 (SYN) 開(kāi)辟了途徑。（@圓圈兒）
PLoS Biology[IF:9.593]
① OligoMM12小鼠腸道菌群相對簡(jiǎn)單，由12種可培養的菌株組成（歸屬5個(gè)門(mén)）；② 通過(guò)隔離器代謝籠系統比較OligoMM12、GF及SPF小鼠食物攝入量、消化效率、能量消耗等；③ GF比OligoMM12和SPF小鼠重，減去盲腸重量后三組體重接近，而OligoMM12小鼠有更多脂肪量；④ GF小鼠的食物攝入量和糞便量更大，糞便能量密度更低，但能量消耗與其他兩組相同；⑤ OligoMM12與GF小鼠代謝組更相似，表明最小的微生物組無(wú)法完全再現傳統微生物組對宿主代謝組的影響。
Metabolic reconstitution of germ-free mice by a gnotobiotic microbiota varies over the circadian cycle
09-20, doi: 10.1371/journal.pbio.3001743
【主編評語(yǔ)】目前，常用無(wú)菌（GF）小鼠和無(wú)特定病原體（SPF）小鼠比較評估腸道菌群影響宿主利用能量的方式，但SPF小鼠的腸道菌群易受出生和長(cháng)大環(huán)境的劇烈影響。因此，研究人員常用具有簡(jiǎn)單但明確的微生物群落小鼠。近日，研究人員在PLoS Biology上發(fā)表最新研究，通過(guò)隔離器代謝籠系統比較OligoMM12（由12種可培養的菌株組成）、GF及SPF小鼠食物攝入量、消化效率、能量消耗等差異，發(fā)現OligoMM12小鼠有更多脂肪量，而GF比OligoMM12和SPF小鼠重，但減去盲腸重量后三組體重接近。更重要的是，相比SPF小鼠，OligoMM12與GF小鼠代謝組更相似，表明最小的微生物組無(wú)法完全再現傳統微生物組對宿主代謝組的影響?？傊?，該研究加深了我們對含有微量微生物組小鼠與常規微生物組小鼠間新陳代謝的相似/不同的理解。盡管調節OligoMM12小鼠群落和復雜菌群間能量差異的精確機制還有待闡明，但值得我們去探究。（@九卿臣）
Microbiology spectrum[IF:9.043]
① 喂食海藻酸鈉（ALG）以菌群依賴(lài)的方式緩解DSS誘導的小鼠結腸炎，改善體重減輕、結腸損傷和促炎因子升高表型；② ALG可恢復結腸炎小鼠腸道菌群的多樣性，顯著(zhù)增加益生菌動(dòng)物雙歧桿菌豐度，其中的7-脫羥基化酶（baiJ）催化初級膽汁酸（BA）生成次級BA——豬去氧膽酸（HDCA）；③ ALG引起的HDCA積累改善了腸道BA譜，并通過(guò)膽汁酸受體FXR抑制腸道促炎因子生成而發(fā)揮抗炎作用；④ 補充動(dòng)物動(dòng)物雙歧桿菌JCM1190或者HDCA同樣可以促進(jìn)結腸炎的緩解。
Alginate Alleviates Dextran Sulfate Sodium-Induced Colitis by Promoting Bifidobacterium animalis and Intestinal Hyodeoxycholic Acid Synthesis in Mice
10-11, doi: 10.1128/spectrum.02979-22
【主編評語(yǔ)】炎癥性腸?。↖BD）與腸道菌群失調有關(guān)，且常伴隨胃腸道膽汁酸代謝異常。已知天然水溶性多糖海藻酸能改善小鼠實(shí)驗性結腸炎，但其對腸道炎癥情況下微生物對膽汁酸代謝的影響尚不清楚。近日，中國農業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院王軍軍及其團隊在Microbiology spectrum發(fā)表研究文章，指出海藻酸能夠通過(guò)調控腸道菌群及相關(guān)膽汁酸代謝緩解DSS誘導的小鼠結腸炎，為IBD的預防和治療提供了新的潛在途徑。（@芥末）
Microbiology spectrum[IF:9.043]
① 失眠患者腸道菌群結構和代謝與對照組不同，失眠者乳酸桿菌、鏈球菌和卷曲乳桿菌相對豐度顯著(zhù)增加；② 兩組間有5條差異代謝途徑（甘油磷脂代謝、谷胱甘肽代謝、氮代謝、丙氨酸、天門(mén)冬氨酸和谷氨酸代謝及氨酰-tRNA生物合成）；③ 失眠者IL-1b水平顯著(zhù)升高，而TNF-a顯著(zhù)降低，其變化與某些特定的物種（Prevotella amnii、Prevotella buccalis和Prevotella colorans等）和代謝物有關(guān)；④ 免疫因子和代謝物介導了腸道菌群對失眠的影響。
Multiomics Analysis Reveals Aberrant Metabolism and Immunity Linked Gut Microbiota with Insomnia
10-03, doi: 10.1128/spectrum.00998-22
【主編評語(yǔ)】先前研究發(fā)現失眠與腸道菌群有關(guān)，免疫力和新陳代謝等會(huì )影響失眠，但這些因素還沒(méi)被充分探究過(guò)。近日，山東大學(xué)公共衛生學(xué)院，國家健康醫療大數據研究院張磊、威海市中心醫院蔄紅好及團隊在Microbiology spectrum發(fā)表最新研究，發(fā)現失眠患者腸道菌群結構和代謝與對照組不同，且失眠者免疫因子變化與某些特定的物種和代謝物有關(guān)?？傊?，該研究揭示系統性炎癥和代謝產(chǎn)物可能是連接腸道菌群與失眠的途徑。這些發(fā)現為理解腸道菌群在失眠中的作用提供了新的見(jiàn)解。（@九卿臣）
Chinese Medical Journal[IF:6.133]
① 分析2011-2021年發(fā)表的782篇將FMT治療疾病的研究；② FMT在涵蓋85種疾病的8大治療領(lǐng)域（感染、腸道疾病、菌群-腸-肝軸、菌群-腸-腦軸、代謝性疾病、腫瘤、血液系統疾病和其他類(lèi)疾?。┲酗@示出治療價(jià)值；③ 報道FMT治療感染和腸道疾病的文獻數量最多，其次是腸腦軸相關(guān)疾病、血液和肝臟疾??；④ 洗滌菌群移植（WMT）和經(jīng)內鏡腸道植管術(shù)（TET）是FMT的最新進(jìn)展；⑤ FMT可能存在4類(lèi)形態(tài)：藥物、組織/器官、保健藥品或醫療技術(shù)。
Encyclopedia of fecal microbiota transplantation: a review of effectiveness in the treatment of 85 diseases
09-14, doi: 10.1097/CM9.0000000000002339
【主編評語(yǔ)】最近，Chinese Medical Journal在線(xiàn)刊登了由南京醫科大學(xué)張發(fā)明教授團隊和澳大利亞Thomas J Borody教授聯(lián)合撰寫(xiě)的綜述長(cháng)文，報道糞菌移植（FMT）在全球應用于85種疾病的治療進(jìn)展。文章的摘要強調，作為重建腸道菌群最有效的手段，FMT技術(shù)在過(guò)去10年有三大進(jìn)展，包括洗滌菌群移植（WMT）、經(jīng)內鏡腸道植管術(shù)（TET）和孢子群移植。全文對2011年至2021年發(fā)表的所有關(guān)于FMT/WMT帶來(lái)治療益處的研究進(jìn)行綜述，并且概述相關(guān)方法學(xué)和政策，以期幫助醫生、研究者及患者全面了解FMT的全球進(jìn)展。FMT在8大治療領(lǐng)域中顯示出一定的治療價(jià)值，盡管有些領(lǐng)域還需要高質(zhì)量的隨機對照試驗，但本文顯示了FMT治療腸道內及腸道外菌群失調相關(guān)疾病的良好前景。（@mildbreeze）
Science Advances[IF:14.957]
① 秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)適應母體腸道微生物，進(jìn)行有替代性胚胎發(fā)生；② 有害微生物導致內胚層細胞分裂改變，左右不對稱(chēng)發(fā)育等形態(tài)變化，腸和原始生殖細胞之間出現雙重關(guān)聯(lián)，繁殖力發(fā)生變化等；③ miR-35 microRNA家族受系統性?xún)仍葱訰NA干擾控制，靶向含β-轉導素重復的蛋白質(zhì)/細胞分裂周期25(CDC25) 途徑，傳遞代際信息以調節細胞分裂和繁殖；④ 研究結果對現有的假設——秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)有一個(gè)由固定細胞數組成的細胞譜系，提出了挑戰。
Small RNAs couple embryonic developmental programs to gut microbes
03-23, doi: 10.1126/sciadv.abl7663
【主編評語(yǔ)】Science Advances近期發(fā)表的文章，發(fā)現母體內的腸道菌群通過(guò)miR-35家族等調節細胞分裂和繁殖，導致秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)的胚胎發(fā)育發(fā)生改變，出現額外細胞、生殖能力改變等，這挑戰了現有的假設——秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)具有一個(gè)由固定細胞數量組成的細胞譜系，這為生物如何通過(guò)表觀(guān)遺傳控制優(yōu)化胚胎發(fā)生以適應環(huán)境變化提供見(jiàn)解。（@章臺柳）
PLoS Pathogens[IF:7.464]
① 細菌會(huì )產(chǎn)生大量非編碼小RNA，廣泛存在于外膜囊泡（OMVs）中，在宿主-菌群互作中發(fā)揮著(zhù)重要作用；② Ile-tRF-5X是成熟異亮氨酸tRNA的5'端衍生片段，在大腸桿菌OMVs中高表達；③ Ile-tRF-5X在營(yíng)養和熱壓力下表達顯著(zhù)上升，但不受轉錄或翻譯抑制的影響；④ 細菌RNase E有助于Ile-tRF-5X的生物合成；⑤ 包載Ile-tRF-5X的細菌OMVs經(jīng)人類(lèi)HCT116細胞內化后，通過(guò)miRNA途徑促進(jìn)細胞MAP3K4的表達；⑥ 細菌OMVs和Ile-tRF-5X以劑量依賴(lài)性地增強人類(lèi)細胞增殖。
A tRNA-derived fragment present in E. coli OMVs regulates host cell gene expression and proliferation
09-15, doi: 10.1371/journal.ppat.1010827
【主編評語(yǔ)】細菌RNA測序分析揭示了大量極小RNA的存在，其中包括tRNA片段，它們選擇性地加載到細菌外膜囊泡中，并靶向宿主mRNA，進(jìn)而可能參與到細菌-宿主關(guān)系的相互作用中。PLoS Pathogens發(fā)表最新研究表明，在大腸桿菌外膜囊泡中存在tRNA的衍生片段Ile-tRF-5X，它受環(huán)境壓力的選擇性調節，向人類(lèi)宿主細胞的轉移。本篇工作為細菌和人類(lèi)細胞之間現有的共生關(guān)系提供了一個(gè)新的研究視角。（@RZN）
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