水利項目建設主管部門(mén)主要包括國家投資主管部門(mén)、質(zhì)量監督單位、項目稽察、審計機關(guān)和水利行業(yè)主管部門(mén)。主管部門(mén)在項目的建設過(guò)程中，主要抓建設程序中五個(gè)關(guān)鍵環(huán)節的監督管理，即項目建議書(shū)、可行性研究報告、初步設計報告、開(kāi)工報告（建設實(shí)施開(kāi)始）的審批以建設項目竣工驗收。
1.國家投資主管部門(mén)（國家發(fā)改委）：主要負責對中央投資和中央、地方合資的國家重點(diǎn)建設項目進(jìn)行管理，其主要職責為：
(1）審批大型建設項目的可行性研究報告（大型包括項目建議書(shū)）。審批過(guò)程中，國家投資主管部門(mén)主要依據行業(yè)主管部門(mén)的技術(shù)審查意見(jiàn)和財政、金融等部門(mén)的投資意見(jiàn)，并委托有資格的工程咨詢(xún)公司評估。
(2）審查總投資超過(guò)2億元的重大建設項目的可行性研究報告，并報國務(wù)院審批。
(3）負責國家重點(diǎn)項目的后評價(jià)。國家投資主管部門(mén)在建設單位自評、行業(yè)評價(jià)的基礎上，委托中國國際工程咨詢(xún)公司組織復審。
（4）省級投資主管部門(mén)（省發(fā)改委）負責按上述程序履行大中型水利項目的省級審批和建設管理權限。
2．質(zhì)量監督：水利工程質(zhì)量監督機構是水行政主管部門(mén)對水利工程質(zhì)量進(jìn)行監督管理的專(zhuān)職機構，對水利工程質(zhì)量進(jìn)行強制性的監督管理。
3．項目稽察：建設項目稽察的基本任務(wù)是對工程建設活動(dòng)全過(guò)程進(jìn)行監督檢查。對國家出資為主的水利基本建設項目實(shí)行稽察制度，稽察工作實(shí)行稽察特派員負責制。對建設項目的稽察，主要包括項目前期工作與設計工作、項目建設管理、項目計劃下達與執行、資金使用、工程質(zhì)量、國家有關(guān)政策、法律、法規、規章和技術(shù)標準執行情況等方面的內容。
4．審計機關(guān)：為保證建設資金的合理使用，項目法人或建設單位應主動(dòng)接受或聘請審計機關(guān)對項目建設資金的使用進(jìn)行審計。
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