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大多數人都不知道,人類(lèi)基因組正在衰敗
2019-12-02 07:43

本文來(lái)自微信公眾號: 把科學(xué)帶回家(steamforkids)

過(guò)去的致命疾病在現代社會(huì )不再致死,人類(lèi)因此擺脫了自然選擇,但也為此付出了代價(jià)。早在70年前,科學(xué)家就注意到人類(lèi)基因組正在不斷累積基因突變,而其中大部分突變是有害的。以人類(lèi)的低生育率要如何破解這個(gè)難題?許多科學(xué)家們?yōu)槿祟?lèi)的未來(lái)感到十分憂(yōu)慮。

你可能也注意到了,現在患有近視眼、過(guò)敏、糖尿病、肥胖癥等疾病的人似乎正在變得越來(lái)越多。

這些病,很可能是逃離了自然選擇后,人類(lèi)患上的現代病。而許多人不知道的是,這些疾病是人類(lèi)基因組正在緩慢衰敗、累積有害突變的征兆。

隨著(zhù)大量證據的出現,這個(gè)現象也被命名為突變載量遞增(increasing mutational load)。

這到底是怎么回事呢?這要從人類(lèi)進(jìn)入文明社會(huì )后 DNA 發(fā)生的變化說(shuō)起。

你的 DNA 是你的合成藍圖,它們一半是來(lái)自你媽的拷貝,另一半是來(lái)自你爸的拷貝。但是拷貝的過(guò)程中,DNA 會(huì )出錯,這就是突變。我們出生時(shí),平均每個(gè)人擁有100個(gè)爸媽沒(méi)有的新突變。

雖然不是所有的突變都是有害的,但要是在史前,攜帶多種有害突變的孩子恐怕沒(méi)法活到生子,甚至都無(wú)法養活自己,他們的基因無(wú)法進(jìn)入人類(lèi)基因池,而被自然選擇淘汰。

1.2萬(wàn)年前的智人男性 Mandal man @lvain Entressangle & Elisabeth Daynes/Science Source

從這個(gè)意義上來(lái)說(shuō),我們的祖先都是非常優(yōu)秀的,他們經(jīng)歷了殘酷的自然選擇。他們給我們留下的遺產(chǎn)——DNA 都是經(jīng)過(guò)千錘百煉的。

但是隨著(zhù)農業(yè)和工業(yè)革命的到來(lái),現代人的生存環(huán)境比祖先們的要友好得多,許多致死疾病也不再致命,自然選擇的作用開(kāi)始減弱。

比如,20世紀初的時(shí)候,攜帶I型糖尿?。ㄒ环N高度可遺傳的糖尿?。┑娘L(fēng)險基因的人一般會(huì )早死,服從自然選擇。但是現在,這些人可以終身使用胰島素,過(guò)上正常的生活,生兒育女,把他們的有害突變遺傳下去。和I型糖尿病類(lèi)似,不少突變導致的疾病在現代社會(huì )里能得到更好的治療,過(guò)去的致命疾病現在變成了慢性病,靠藥物可以控制,因此相關(guān)基因突變也不會(huì )從基因池中被剔除。

實(shí)際上,科學(xué)家們對小鼠、蠕蟲(chóng)和其他許多動(dòng)物的實(shí)驗發(fā)現,在沒(méi)有自然選擇的情況下,實(shí)驗室動(dòng)物的突變發(fā)生率會(huì )不斷增長(cháng),整個(gè)種群會(huì )變弱,適合度(生物個(gè)體或群體適應環(huán)境的程度)降低。

換言之,隨著(zhù)文明的發(fā)展,人類(lèi)基因池成了有害突變的避難所。

自然選擇下線(xiàn)

最開(kāi)始發(fā)現人類(lèi)基因組不斷累積突變的現象的是美國遺傳學(xué)家,因為發(fā)現X射線(xiàn)誘導突變而獲得諾獎的 Hermann Joseph Muller。Muller 在大約70年前發(fā)現了這個(gè)驚人的現象。

Hermann Joseph Muller @britannica

Muller 當時(shí)的研究發(fā)現,有害突變會(huì )不斷產(chǎn)生,平均每個(gè)新生兒帶著(zhù)50-100個(gè)新的突變出生。這還不算,我們已經(jīng)從父母和祖先那里繼承了一大坨有害突變了。而縱觀(guān)人的一生,每次細胞分裂,都會(huì )收獲3個(gè)突變。Muller 擔心,不再受到自然選擇的諸多限制,甚至開(kāi)始操縱自然的人類(lèi)要為此買(mǎi)單,承受由于缺乏自然選擇帶來(lái)的“自?xún)簟惫δ芏鴮е碌膼汗?/strong>

即使是從當時(shí)的社會(huì )背景來(lái)看,Muller 的擔心也并不多余。50年代,美國在大量測試核武器,輻射塵埃在大氣中四處散播。發(fā)現X射線(xiàn)誘導突變的 Muller 不可能對此視而不見(jiàn),他擔心核武器試驗將要將人類(lèi)逼上滅絕的道路。

雪上加霜的是,Muller 還發(fā)現,人類(lèi)基因組里有很多基因連鎖群(linkage group),相當于捆綁銷(xiāo)售(遺傳),無(wú)法拆開(kāi)的一群基因,它們不符合孟德?tīng)栠z傳規律。

有害基因會(huì )影響這些基因連鎖群,產(chǎn)生連鎖反應。這就是著(zhù)名的繆勒氏齒輪(Muller's ratchet)——基因連鎖群只會(huì )變得越來(lái)越差,而不會(huì )反彈,就像無(wú)法反轉的齒輪一樣。

意識到了這點(diǎn)后,在1950年的 Our load of mutation 一文中,Muller 指出,如果突變率太高,人類(lèi)基因組會(huì )不可避免的惡化,最終導致人類(lèi)滅亡。

“很難解釋人類(lèi)是如何幸存的”

那么,人類(lèi)的突變率究竟有多大呢?

在 Muller 眼中,突變率高于0.5是危險的,也就是說(shuō),每代每個(gè)人的突變應當不超過(guò)0.5個(gè),這樣才能保證人類(lèi)不會(huì )滅絕。

2018年,在一次美國衛生研究院(NIH)的演講中,研究了突變載量18年的康奈爾大學(xué)的遺傳學(xué)教授 John C. Sanford 指出,“學(xué)遺傳學(xué)的人都知道,人類(lèi)基因組累積了越來(lái)越多的有害突變,突變載量太大?,F在科學(xué)家們的共識是,人類(lèi)突變的速率是,每代人的每個(gè)人平均貢獻了100個(gè)突變,”遠遠超過(guò) Muller 給出的數字。

來(lái)看一些具體的研究。

1997年,生物學(xué)的另一位大佬,威斯康星大學(xué)麥迪遜分校的遺傳學(xué)家 James F. Crow 發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》(PNAS)上的論文發(fā)現,在過(guò)去的幾百年里,有害突變一直在不斷累積。Crow 估計,有害突變導致的繁殖能力下降率大概是每代人下降1-2%。

無(wú)獨有偶,1996年,一些德克薩斯大學(xué)醫學(xué)分校的研究者在對人類(lèi)線(xiàn)粒體基因組(線(xiàn)粒體里也有DNA,和細胞核里的DNA不同)測序后,也發(fā)現人類(lèi)線(xiàn)粒體基因組累積的突變太多。在這篇被引用了260多次論文中,他們發(fā)問(wèn):“我們要密切關(guān)注這個(gè)問(wèn)題,那就是帶有這么高突變載量的系統如何演化下去?!?/p>

更糟糕的是,對于人類(lèi)來(lái)說(shuō),幾乎所有的非中性突變都是有害突變。

作為證據,1999年,英國薩塞克斯大學(xué)的生物學(xué)家 Adam Eyre-Walker 和愛(ài)丁堡大學(xué)的生物學(xué)家 Peter D. Keightley 發(fā)表在《自然》上的一項研究發(fā)現,人類(lèi)的基因突變率非常高,而且其中只有少部分是有益突變,大部分是有害的。這項研究目前被引用了超過(guò)400次。

具體來(lái)說(shuō),Eyre-Walker 和 Keightley 對41 471個(gè)編碼蛋白質(zhì)的基因堿基進(jìn)行了研究,發(fā)現了從6百萬(wàn)年前,也就是人類(lèi)和黑猩猩分化后人類(lèi)累積了143個(gè)突變,其中88個(gè)是有害突變。

Eyre-Walker 和 Keightley 直接寫(xiě)下了這樣的句子:“很難解釋人類(lèi)是怎么幸存下來(lái)的,因為人類(lèi)的突變率如此之高(U>>1,每代的每個(gè)人的突變遠大于1個(gè)),而繁殖率又如此之低,這對一個(gè)物種來(lái)說(shuō)是很矛盾的。人類(lèi),以及人類(lèi)的近親的有害突變率如此之高,以至于這些物種的存活很成問(wèn)題。

人類(lèi)基因組衰落的癥狀

人類(lèi)基因組的衰變已經(jīng)有了具體的癥狀。

2017年,發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》上的另一項研究發(fā)現,在過(guò)去的80年里,愛(ài)學(xué)習的基因衰落了。

研究者對近13萬(wàn)名出生在1910-1990年間的冰島人進(jìn)行了基因測序,并計算了62萬(wàn)個(gè)和受教育時(shí)長(cháng)有關(guān)的多基因風(fēng)險評分(Polygenic score)。

他們發(fā)現,那些攜帶和更長(cháng)受教育時(shí)間相關(guān)基因的人生的孩子更少,也就是說(shuō)高學(xué)歷基因在整個(gè)冰島基因池中的百分比正變得越來(lái)越低。而即使是那些攜帶了“愛(ài)學(xué)習”基因,但事實(shí)上沒(méi)有接受很長(cháng)時(shí)間教育的人,生的孩子也更少。

這項研究的主要作者 Kari Stefansson 表示:“人類(lèi)是因為大腦才和其他物種不一樣,而教育是訓練大腦的重要途徑。但是和受教育年限有關(guān)的基因在基因池里卻正變得越來(lái)越少?!彼麄冞€估計,平均每10年,冰島人的IQ就會(huì )下降0.3分(IQ均值為100,大多數人的IQ在70-130之間)。

這不僅僅是冰島一個(gè)國家的問(wèn)題。早在在2016年,哈佛大學(xué)的經(jīng)濟學(xué)家 Jonathan Beauchamp 發(fā)表于《美國國家科學(xué)院院刊》的研究也指出,美國人的“愛(ài)學(xué)習”基因也在人群基因池中逐漸緩慢地消失。

其實(shí)早在2010年,亞利桑那州立大學(xué)的生物學(xué)家 Michael Lynch 發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》上的論文里就整理了人類(lèi)基因組衰退的顯性證據:在美國,自閉癥、男性不孕不育、哮喘、免疫系統紊亂、糖尿病等疾病的增長(cháng)率遠遠超過(guò)了預期;美國和英國的國民智商在過(guò)去的100年里呈緩慢下降趨勢。

Lynch 認為:“現在存在大量可以減少壞基因帶來(lái)的病痛的醫療技術(shù),這就導致自然選擇對有害突變松綁,”結果就是,有害突變在人類(lèi)基因池中不斷累積,“每代人的生理和心智機能會(huì )衰退1%。這些效應的可以預見(jiàn)的長(cháng)期結果就是,人類(lèi)的基因組衰退?!?/strong>

他估計,如果沒(méi)有自然選擇,人類(lèi)的適合度每一代下降1-3%,人類(lèi)會(huì )經(jīng)歷生理、神經(jīng)和外觀(guān)上的顯著(zhù)失調,高度工業(yè)化的社會(huì )里國民的表型每過(guò)200-300年就會(huì )發(fā)生巨大的變化,也就是說(shuō)他們的生理、形態(tài)、神經(jīng)活動(dòng)水平每200-300年就會(huì )大變樣。

為什么大自然要針對人類(lèi)?

@Charles R. Knight

有些人看到這里可能?chē)樐蛄?,大自然為什么要這樣為難智人,針對智人?智人到底做錯了什么?

其實(shí),這不是大自然故意針對智人,而是針對在場(chǎng)所有無(wú)法快速繁殖的生物。

所有無(wú)法快速繁殖的物種在演化時(shí)都會(huì )面臨一大難題——霍爾丹兩難(Haldane’s dilemma)。早在 DNA 測序技術(shù)發(fā)明前,生物學(xué)家們就意識到了這個(gè)問(wèn)題。

1957年,英國演化生物學(xué)家約翰·霍爾丹(John Haldane)思考了這樣一個(gè)問(wèn)題:一個(gè)物種要花多少代價(jià)(死掉多少個(gè)體,生出多少新個(gè)體),才能消除基因池中適應不良的那些“劣等”個(gè)體?

他先計算人工選育的情況:一個(gè)繁殖場(chǎng)到底要繁育多少動(dòng)物,淘汰(殺掉)多少不合格的動(dòng)物,才能保證能同時(shí)把擁有所有好的特質(zhì)的個(gè)體都挑選出來(lái)。這樣一來(lái),繁殖場(chǎng)只要經(jīng)過(guò)少量的幾代培育,就能繁殖出一批最優(yōu)秀的牲畜,不良個(gè)體不再出現,繁殖場(chǎng)的收益就能得到最大化。

可是,這樣一波計算后,霍爾丹發(fā)現了一個(gè)令他感到十分困惑不解的矛盾。那就是,如果養的是牛,一半的母牛都不能被淘汰(在繁殖前殺掉),因為牛的繁殖率不夠高,若淘汰太多母牛,最后會(huì )導致種群數量不夠延續后代,更加沒(méi)法人工培育優(yōu)良品種了。

霍爾丹還發(fā)現,這個(gè)矛盾在自然界也適用。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),如果環(huán)境發(fā)生突變,生物需要通過(guò)讓不適應環(huán)境的個(gè)體死亡的方式淘汰有害基因以適應環(huán)境,那么它們反而會(huì )因此滅絕。

換言之,無(wú)法快速繁殖的生物(如人類(lèi)和牛)會(huì )因為無(wú)法快速地演化而滅絕。這就是霍爾丹兩難吊詭的地方?;魻柕ふJ為,這個(gè)兩難是生物學(xué)的本質(zhì),應當成為生物學(xué)研究的重心。

霍爾丹兩難后來(lái)引起了另外一個(gè)生物學(xué)大佬,日本生物學(xué)家木村資生(Motoo Kimura)的興趣。

1968年,他通過(guò)自己的計算,得到了更驚人的結論:“要在保持種群數量的同時(shí)把有害突變替代掉的話(huà),每個(gè)人都要生327萬(wàn)個(gè)孩子才行?!币驗橛X(jué)得這個(gè)數字過(guò)于奇葩,他才提出了著(zhù)名的中性演化理論(在分子水平上大部分突變并沒(méi)有被自然選擇淘汰,自然選擇對它們呈中性)。

樂(lè )觀(guān)派

當然,雖然大部分科學(xué)家承認人類(lèi)基因組突變量累積的事實(shí),但是一些人對這個(gè)現象的后果卻比較樂(lè )觀(guān)。他們的主要觀(guān)點(diǎn)大概是三類(lèi)。

第一類(lèi)觀(guān)點(diǎn)是,人類(lèi)基因組里的大部分是垃圾 DNA,它們不編碼蛋白質(zhì),換句話(huà)說(shuō)沒(méi)什么用。這些垃圾 DNA 即使突變了,也不影響整體的功能嘛。但是也有學(xué)者對此進(jìn)行了駁斥。

美國國家人類(lèi)基因組研究所的公共聯(lián)合研究項目DNA元件百科全書(shū)(ENCODE)指出,人類(lèi)基因組的80%都具有功能。

此外,2003年,上文提到的 Peter Keightley 和 Michael Lynch 在發(fā)表在 Evolution 上的論文中指出:“大多數突變都是有害突變,這是演化遺傳學(xué)的的受到廣泛承認的原理,擁有分子遺傳學(xué)數據的證據基礎?!?/p>

當然,也有人提出,累積太多有害突變的人要“遭天譴”,也就是說(shuō)大自然會(huì )給每個(gè)人一個(gè)突變指標,如果超過(guò)這個(gè)指標,他們會(huì )被自然選擇淘汰,活不到性成熟,找不到對象或者生不出娃什么的,所以不用擔心啦。這套學(xué)說(shuō)被稱(chēng)為突變計數理論(mutation count mechanism)。

還有一類(lèi)說(shuō)法是,有害突變會(huì )互相放大,導致有很多有害突變的人被早早淘汰掉,所以最終能留下來(lái)的人應該沒(méi)有很多有害突變,這類(lèi)理論叫做協(xié)同上位(synergistic epistasis mechanism)。

總之,下面兩種假說(shuō)的主要觀(guān)點(diǎn)是,總有一天有害基因會(huì )被淘汰掉,不要擔心啦。但如果這類(lèi)假說(shuō)是真的,那么人類(lèi)總有一天會(huì )看到許多人在病痛中早死,或孤獨地活著(zhù)的怪現象。

原來(lái),老師每年都說(shuō):“你們是我帶過(guò)的最差的一屆”,這可能是真的。

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