大型的國際項目如TCGA，GTEx創(chuàng )造出了大量的轉錄組數據，為人們提供了數據挖掘、理解基因功能的機會(huì )。為了讓沒(méi)有生物信息學(xué)背景的研究人員也能夠輕易獲取、分析生物大數據，北京大學(xué)張澤民教授實(shí)驗室的唐澤方等人通過(guò) R 、Perl等語(yǔ)言對數據進(jìn)行處理、可視化，設計了癌癥大數據分析網(wǎng)站GEPIA 。研究人員能夠通過(guò)GEPIA來(lái)提出問(wèn)題或是驗證假設。
GEPIA提供了關(guān)鍵的交互分析和定制功能，包括腫瘤/正常差異表達譜分析、剖面繪制、病理分期、患者生存分析，相似基因檢測分析和降維分析。通過(guò)簡(jiǎn)單的點(diǎn)擊GEPIA 就可以進(jìn)行綜合全面的表達分析。接下來(lái)我們就詳細地介紹下：
1、首先，打開(kāi)網(wǎng)站：http://gepia.cancer-pku.cn/
2、輸入你關(guān)注的基因，例如'KRAS'。打開(kāi)后顯示該基因在人體的表達情況：
也可以查看該基因在不同腫瘤中的表達情況：
查看該基因在癌組織與癌旁組織中的表達情況：
3、點(diǎn)擊differential gene，可以用ANOVA來(lái)統計某種腫瘤中的差異基因
差異基因有不同的顯示形式，如下圖是在染色體中的位置，此外差異列表也可以以箱線(xiàn)圖的方式顯示：
4、GEPIA還能搜尋共表達基因，選擇腫瘤和對應的正常組織，就能看共表達趨勢了：
接下來(lái)就可以看到共表達的散點(diǎn)圖：
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