進(jìn)料加工深加工結轉是指加工貿易企業(yè)將保稅進(jìn)口料件加工的產(chǎn)品轉至另一加工貿易企業(yè)進(jìn)一步加工后復出口的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)。對進(jìn)料加工深加工結轉國家稅務(wù)總局共下發(fā)過(guò)一下文件：1.《國家稅務(wù)總局關(guān)于〈印發(fā)出口貨物退（免）稅管理辦法〉的通知》（ 國稅發(fā)〔1994〕31號 ）第二十一條的規定：外商投資企業(yè)以來(lái)料加工、進(jìn)料加工貿易方式加工貨物銷(xiāo)售給非外商投資企業(yè)出口的，不實(shí)行上述辦法，須按照增值稅、消費稅的征稅規定征收增值稅、消費稅，出口后按出口退稅的有關(guān)規定辦理退稅；2.《國稅發(fā)[1994]239號》文件規定，“外商投資企業(yè)用進(jìn)口料件加工成品后不直接出口，而是轉給另一承接進(jìn)料加工的外商投資企業(yè)進(jìn)行再加工、裝配后出口的，可以免征生產(chǎn)環(huán)節的增值稅、消費稅。”3..《國稅發(fā)[1996]123號》文件規定，外商投資企業(yè)從事“進(jìn)料加工、來(lái)料加工”深加工結轉業(yè)務(wù)的有關(guān)規定只適用于老企業(yè)之間開(kāi)展。通過(guò)以上文件，只有在老企業(yè)之間開(kāi)展的進(jìn)料加工深加工結轉業(yè)務(wù)免征增值稅，其他企業(yè)應視同內銷(xiāo)計征增值稅，但由于上述文件已作廢，以后出口退稅政策多次更改，但均未再提及進(jìn)料深加工結轉的征退稅問(wèn)題。因此，各地對進(jìn)料加工深加工結轉業(yè)務(wù)的稅務(wù)處理也不盡一致。青島市國稅局是這樣規定的：
對深加工結轉的轉出企業(yè)的深加工結轉收入單獨計算增值稅，實(shí)行稅款掛帳、暫緩入庫的辦法；對轉入企業(yè)的深加工結轉轉入的原材料、半成品也不能參與免抵退稅的計算。即：以深結轉方式購入的料件如：原材料和半成品等不按照加工貿易開(kāi)具“進(jìn)料加工貿易免稅證明”
具體會(huì )計處理如下：
要單獨核算深加工結轉業(yè)務(wù)的應繳稅金。。對進(jìn)項稅額劃分不清楚的可以（也可以采取合理的方法）按照銷(xiāo)售額的比例進(jìn)行劃分。對深加工結轉企業(yè)直接從國外進(jìn)口的原材料不能開(kāi)具“進(jìn)料加工貿易免稅證明”。
1、 銷(xiāo)項稅額=深結轉出口額/1+17%
根據總局有關(guān)文件規定，FOB價(jià)在2004年1月1日以前是不含稅的，2004年1月1日起，FOB價(jià)為含稅價(jià)。
2、 進(jìn)項稅額=當月全部進(jìn)項稅額*深結轉出口額/全部銷(xiāo)售額
3、 掛帳稅款=銷(xiāo)項稅額—進(jìn)項稅額
每月終了進(jìn)行帳務(wù)處理：-
1、 結轉深加工結轉應分擔進(jìn)項稅額：
借：應交稅金—應交增值稅（深加工結轉應負擔進(jìn)項）
貸：應交稅金—應交增值稅（進(jìn)項稅額轉出）
2、月末將深結轉掛帳稅金轉入“應交稅金—應交增值稅（轉出未交增值稅）：
借：應交稅金—應交增值稅（轉出未交增值稅）
貸：應交稅金—未交增值稅
應交稅金—未交增值稅帳戶(hù)的貸方余額，反映未交的增值稅，即深加工結轉業(yè)務(wù)掛帳稅金。
五、深加工結轉企業(yè)的結轉業(yè)務(wù)應開(kāi)具出口發(fā)票，不能開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票和普通發(fā)票。
六、深加工結轉轉出企業(yè)應每月按照增值稅的納稅申報規定及時(shí)對深加工結轉業(yè)務(wù)單獨進(jìn)行手工申報。
