黃鱔的骨骼主要指脊柱和頭骨組成的中軸骨骼，附肢骨骼僅殘剩小部分。
脊柱（ vertebra ）由 100 一 180 個(gè)脊椎（ vertebral column ）組成，分軀干椎（ trunk vertebra ）和尾椎（ caudal vertebra ）兩部分，軀干椎 94 一 102 枚，尾椎 46 一 86 枚。軀干椎第一椎較小，髓弓（ neural arch ）及髓棘 ( neural spine ) 也較短，椎體前凸后凹，凹出面嵌人基枕骨后面的凹陷處，凹入兩側與第二椎的椎體相關(guān)節。髓弓的前關(guān)節突（ preZygapophysis ）與基枕骨凹陷面上方的一對小型突起相關(guān)節，后關(guān)節突（ PestzygapophysiS ）則與第二椎的前關(guān)節突相關(guān)節。從第二椎開(kāi)始，椎體均為兩凹型，髓棘也較長(cháng)。椎體的腹側有一對橫突（ transverse process ) ，其基部寬，前端尖細，并附著(zhù)細小的肋骨（ rib ）。肋骨縱行，與橫突相交呈直角，為背肋（ dorsal rib ）或叫上肋骨。隨后的兩個(gè)軀干椎，其橫突的先端分叉，上肢較小為側突，下肢較大伸向腹面為脈弓（ haernal arch ) ，無(wú)下肋骨。尾椎結構與軀干椎相同，但左、右脈弓會(huì )合成脈棘（ haemal sPine ) ，側突仍然很明顯，髓棘和脈棘側扁，先端分叉。尾椎從第一椎起越往后椎體越小，接近尾部末端的椎體極小，幾乎不能辨認。組成脊柱的脊椎骨數量因個(gè)體生長(cháng)發(fā)育的情況不同而有變化。通常個(gè)體長(cháng)大，脊椎骨數量增多，主要是尾椎骨數量逐漸增多（圖 1 一 2 ）。
頭骨為長(cháng)方形，其長(cháng)度約為寬度的 2 . 9 倍，高度的 2 . 2 倍，骨片堅實(shí)。黃鱔的眼極小，只有極薄的眼肌將眼球著(zhù)于頭骨前端背側的凹陷處，沒(méi)有明顯的眼窩和圍眼眶骨。頭骨后端兩側附有菱形的后頜骨，與上鎖骨相接，上、下頜骨均狹長(cháng)，上面著(zhù)生許多細小的牙齒。頭骨又分腦顱和咽顱兩部分（圖 1 一 3 ）。
腦顱：腦顱的前段狹長(cháng)，后段稍寬；后段容有小型的顱腔。顱腔背面沿背中線(xiàn)由前向后依次為中篩骨（mesethmoid ）、外篩骨（ ectethmoid ）、額骨（ frontal bone ）和上枕骨（ supiaoccipital bone ）。中篩骨細長(cháng)，兩旁附著(zhù)一對鱗片狀的薄骨片為鼻骨 ( nasal bone ）。中篩骨后面的一對外篩骨呈“丫”形，兩臂外展，其基部插入兩塊額骨的前端。額骨狹長(cháng)，后端略寬與上枕骨相接。上枕骨呈蝶形，背面正中突出如棱，較上枕骨略突。在上枕骨的兩側，前面是頂骨（ parietal bone ) ，中間是上耳骨（ ePiotic bne ) ，后面是外枕骨（ exoccipital bone ）。頂骨和上枕骨很小，其外緣分別為蝶耳骨（sphenoid ）及翼耳骨（pterotic bone）。蝶耳骨有一個(gè)突起伸向外側。翼耳骨狹長(cháng)，其后端附著(zhù)一塊極小的顳骨（ temporal bone ) （圖 1 一 4 , a ）。腦顱的腹面由前向后依次為犁骨（ vomer ）、副蝶骨（ parasphenoid ）、基蝶骨（ basisphenoid) 和基枕骨（basiocciPital bo ne ）。犁骨很小，副蝶骨細長(cháng)，覆蓋著(zhù)基蝶骨的前端?；堑暮蠖溯^寬，與基枕骨相接，其兩側為翼蝶骨（ alisphenoid ）和前耳骨（ preotic ）。（圖 i 一 4 , b ）。從腦顱的側面來(lái)看，外篩骨、額骨的兩側分別與副蝶骨和基蝶骨相縫合，蝶耳骨和翼耳骨的外緣，附著(zhù)舌頜骨（hyomandibular bone ）和前鰓蓋骨（ preoperculum ）。前鰓蓋骨狹長(cháng)，其前緣傍著(zhù)后翼骨 ( metapterygoid ）的上面及方骨（ quadrate bone ）下面。后緣靠著(zhù)鰓蓋骨（operculurn ）。在前鰓蓋骨和鰓蓋骨之間及鰓蓋骨的下面分別有一塊小而薄的骨為間鰓蓋骨（ interoperculum）和下鰓蓋骨（ suboperculum ) .
咽顱：咽顱的前頜骨（premaxilla）細長(cháng)，腹緣有細齒，其背面有前面狹長(cháng)、后端較寬的上頜骨（maxilla) ；上頜骨與前頜骨平行，僅后端伸出于前頜骨之后，無(wú)齒。腭骨（ palatine ）很厚，其前端和后緣有細齒，后面緊接著(zhù)后翼骨（上面）和方骨（下面）。腭骨和后翼骨的背緣與副蝶骨、翼蝶骨或再與額骨相固結在一起，方骨后端的腹部伸出一個(gè)突起，與下面的關(guān)節骨相關(guān)節。前頜大而堅實(shí)，由齒骨（dentale）、關(guān)節骨（ articulatio ）、隅骨（ angular bone ）組成。齒骨上有多排較大排列較密的細齒。關(guān)節骨的背面有一凹陷與方骨相關(guān)節（圖 1 一 5 ）。舌頜骨呈方形，有 4 個(gè)小突起，背面 2 個(gè)和蝶耳骨、翼耳骨相連，腹面前端的 1 個(gè)與續骨（ SynlplectiC bone ）相接，后端的 1 個(gè)與鰓蓋骨相關(guān)節。黃鱔的腭骨、后翼骨、方骨和腦顱愈合固結在在一起，舌頜骨通過(guò)續骨和方骨相連，方骨再與下頜相關(guān)節。這種頜接式為雙接型 ( amphistyly ）。舌弓（hyoidarch）的正中是一根細長(cháng)縱行的基舌骨（basihyoid ) ，位于口咽腔的底壁，上面覆有黏膜，突出于口咽腔，為不活動(dòng)的舌。在基舌骨中段的兩側，各附著(zhù)由下舌骨 ( hypohyal bone ）、角舌骨（ Ceratohyal bone ）、上舌骨（ epihyal )和間舌骨（interhyal bone ）組成的骨弓，其中角舌骨最大，上面附著(zhù) 6 根鰓皮骨（ braneniostegal ）。上舌骨和間舌骨很小，弓向背面，以韌帶牽附于舌頜骨及前鰓蓋骨之間?；喙堑暮蠖藘蓚雀鞲街?zhù)第一鰓弓（圖 1 一 6 ）。鰓弓（ gin arch ）共 5 對，細長(cháng)不易辨認。第 1 一 3 鰓弓約 3 一 4 節，上附鰓絲，第 3 一 4 鰓弓彎向背面的咽鰓骨愈合并膨大，上面有細齒。第 5 鰓弓只 l 節，細小，內緣有細齒（圖 1 一 7 ）。第 2 一 5 鰓弓各以韌帶與基舌骨相連。
在鰓弓的后面，有1對較大的且呈弓形彎曲的鎖骨（clavicle）,左右緊密相連于頭部的腹面。鎖骨的背面有較小的上鎖骨(epiclavicle)。上鎖骨與菱形的后顳骨(posttemporal)相連，后顳骨又與腦顱外枕骨的突起相關(guān)節。黃鱔雖無(wú)胸鰭，卻保留著(zhù)上鎖骨和鎖骨?？梢?jiàn)，無(wú)胸鰭是一種次生現象。
由于上肋骨有支持肌節的作用，使肌節有較強大的屈伸力量，代替了尾鰭的擺動(dòng)。因此，黃鱔的奇鰭、偶鰭皆退化。
黃鱔的附肢骨骼極為退化，帶骨僅肩帶骨殘留上鎖骨、鎖骨和后鎖骨，而肩帶的最上方與分叉的后顳骨關(guān)接，后顳骨接于顱骨的翼耳骨和上耳骨之間。黃鱔的鰓極不發(fā)達，基鰓骨只有一塊，與其他種類(lèi)有所差異。
黃鱔的其他游離肢骨全部缺無(wú)。
