基本藥物在各級醫院使用比例是另一個(gè)讓人痛苦的“不確定性”。基本藥物制度規定：“政府舉辦的基層醫療衛生機構全部配備和使用基本藥物。”這句話(huà)是有歧義的，理解一：只要基層醫療機構將所有基本藥物都采購到醫院了，醫生把每種藥都用一遍，就是符合制度的，至于用多少，政策沒(méi)有規定或者有待各省的具體規定（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“理解一”）；理解二：基層醫療機構不僅要將所有基本藥物采購一遍，而且醫生使用的所有藥物都必須是基本藥物，非基本藥物不可以出現在基層醫療機構（各地增補進(jìn)入基本藥物目錄的產(chǎn)品，無(wú)論數量多寡，與國家基本藥物目錄地位等同，不能稱(chēng)之為“非基本藥物”）（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“理解二”）。兩種理解所導致的行業(yè)影響在許多方面截然不同。
但是根據媒體最新報道，衛生部關(guān)于醫療機構配備使用基本藥物管理辦法的“征求意見(jiàn)稿”已于9月下旬下發(fā)到各省衛生廳。“征求意見(jiàn)稿”初步確定了醫療機構對基本藥物目錄的使用比例：基層醫療機構使用基本藥物目錄之外藥品的銷(xiāo)售額可能不得超過(guò)使用藥品總銷(xiāo)售額的30%；對于其他政府舉辦的醫療機構，“征求意見(jiàn)稿”將從“基本藥物品種覆蓋率”及“基本藥物銷(xiāo)售額占比”兩方面予以限制，具體而言，三級甲類(lèi)醫院使用的藥品品種應覆蓋基本藥物品種總數的80%左右，二級醫院使用的藥品應覆蓋基本藥物品種總數的90%左右；此外，各省在制定當地的基本藥物目錄時(shí)，如果有增補非基本藥物的需求，其增補藥品的銷(xiāo)售額可能不得超過(guò)總藥品銷(xiāo)售額的30%，具體如何實(shí)施還將在進(jìn)一步征求意見(jiàn)和調研中明確，有望在省級衛生部門(mén)率先試點(diǎn)。
由此可見(jiàn)，對于基本藥物將來(lái)如何使用，可能是基于“理解一”和“理解二”之間的一種方案，在基層醫療機構，更偏向于“理解二”。
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