上一篇 我也想裝個(gè)linux系統！講到linux系統的安裝，實(shí)則就是為了本期準備的，因為測序數據分析涉及的大部分軟件都是基于linux的，目前還沒(méi)有linux系統或者打算只在windows下用R去做一些統計分析的盆友，本期可以做個(gè)了解，有需要的時(shí)候記得有這篇文章...
下面我們講解微生物流程分析中軟件的安裝！
一、打開(kāi)終端命令行
首先要登錄進(jìn)入linux系統：
左上角桌面會(huì )有一個(gè)應用程序的按鈕，點(diǎn)擊后會(huì )看到終端圖標，點(diǎn)擊打開(kāi)即可：
接下來(lái)的軟件安裝都將在該界面下進(jìn)行，所謂的命令行模式...
二、軟件安裝
### qiime 安裝
大家可以按照以下命令安裝：
# install setuptools
wget https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py
sudo python ez_setup.py
# install pip
wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
sudo python get-pip.py
# install dependence
sudo pip --default-timeout=100 install -U numpy
sudo yum install python-devel
sudo yum install libevent-devel
# install tkinter
sudo yum install tkinter
sudo pip --default-timeout=100 install -U qiime
### usearch 安裝
在官網(wǎng)下載
http://www.drive5.com/usearch/download.html
提供郵箱，會(huì )將下載鏈接發(fā)送至郵箱，64位版本需要收費。下載下來(lái)，將可執行程序上傳至linux即可，另外下載一些可能會(huì )用到的python腳本：
http://drive5.com/python/python_scripts.tar.gz
下載后解壓即可
### seq_crumbs 安裝
wget https://bioinf.comav.upv.es/downloads/seq_crumbs-0.1.9.tar.gz
tar zxvf seq_crumbs-0.1.9.tar.gz
cd seq_crumbs-0.1.9
sudo python setup.py install
### trim_galore 安裝
git clone https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore.git
### mothur安裝
wget https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v.1.39.3/Mothur.linux_64.zip
unzip Mothur.linux_64.zip
### flash2安裝
sudo yum install zlib-devel
git clonehttps://github.com/dstreett/FLASH2.git
cd FLASH2
make
### fastx_toolkit安裝
wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2
tar xjf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2
### KronaTools安裝
wget https://github.com/marbl/Krona/releases/download/v2.7/KronaTools-2.7.tar
tar xvf KronaTools-2.7.tar
cd KronaTools-2.7
./install.pl --prefix=`pwd`
### lefse安裝
wget https://bitbucket.org/nsegata/lefse/get/54694b4b0d9e.zip
unzip 54694b4b0d9e.zip
mv nsegata-lefse-54694b4b0d9e nsegata-lefse
### PICRUSt安裝
git clone git://github.com/picrust/picrust.git
cd picrust/picrust/data/
wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/16S_13_5_precalculated.tab.gz
wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/ko_13_5_precalculated.tab.gz
wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/cog_13_5_precalculated.tab.gz
wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/rfam_13_5_precalculated.tab.gz
cd ../../picrust
sudo python setup.py install
三、R及R包安裝
R 安裝詳見(jiàn)我們今天發(fā)布的另一篇
R語(yǔ)言實(shí)戰專(zhuān)題 | R語(yǔ)言安裝
安裝完成后打開(kāi)R軟件，命令行復制粘貼下面的腳本即可安裝所有需要的R包：
### check and install R packages
need.packages1 = c('labdsv', 'RColorBrewer', 'rnaseqWrapper', 'plyr', 'VennDiagram', 'picante', 'vegan', 'mapplots', 'ggplot2', 'ape', 'ggrepel', 'entropart', 'gtools', 'mixOmics', 'MASS', 'pheatmap', 'vcd', 'maptools', 'Hmisc', 'scatterplot3d', 'igraph')
logical_res = need.packages1%in%row.names(installed.packages())
index = which(logical_res == FALSE)
if(length(index) != 0){
install.packages(need.packages1[index], repos = 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN')
}
# bioconductor packages
need.packages2 = c('limma', 'metagenomeSeq', 'phyloseq')
logical_res = need.packages2%in%row.names(installed.packages())
index = which(logical_res == FALSE)
if(length(index) != 0){
source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite(need.packages2[index])
}
溫馨提示，完成本期后想要退出linux，關(guān)閉虛擬機之前先關(guān)閉客戶(hù)機哦：
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