上周五，我對友人說(shuō)，十年后，基于Markdown+R的科技寫(xiě)作方式將有較大概率成為主流。而這一切，少不了來(lái)自一位友人的重要開(kāi)源貢獻。他給這條生態(tài)鏈補上了最重要的一環(huán)。他，就是yihui。
好了，觀(guān)點(diǎn)擺出來(lái)了，趨勢來(lái)臨之際，人人覺(jué)得與自己沒(méi)有關(guān)系?，F在，讓我講清楚，Markdown+R與你可能有什么關(guān)系。小文結構如下：
寫(xiě)作一般而言，會(huì )碰到這么一些難題：
從2009年開(kāi)始，我拋棄Word寫(xiě)作，幾年來(lái)，幾本書(shū)、十萬(wàn)字以上的長(cháng)文檔，幾乎只是用Word在最后做個(gè)轉換與掃尾工作。剛開(kāi)始是使用google doc，然后當Markdown出現在視線(xiàn)之中后，毫不猶豫轉到它上面來(lái)了。
它實(shí)際上是個(gè)非常簡(jiǎn)單、非常容易學(xué)習的語(yǔ)法。這個(gè)語(yǔ)法簡(jiǎn)單到每個(gè)人都可以在5分鐘以?xún)葘W(xué)會(huì )。應該是為數不多，你真的可以徹底學(xué)會(huì )的語(yǔ)言。
更重要的是，Markdown語(yǔ)法所有要素，是與寫(xiě)作的習慣一脈相承的，套用句俗語(yǔ)：僅為寫(xiě)作而生。比如：
習慣是人生最大的指導。
一切就這么簡(jiǎn)單。Markdown之所以在被鼓吹之后，越來(lái)越流行，不是因為它復雜，而是因為它足夠簡(jiǎn)單。
Markdown誕生于互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代，更是由深諳互聯(lián)網(wǎng)文本之道的John Gruber等人設計。因為Ruby與github圈的極客們的熱捧，以及來(lái)自github、Stackoverflow等的大力支持。從一開(kāi)始，就建立一個(gè)完整的生態(tài)鏈。我們可以粗略看看，Markdown如何解決這些難題的。感興趣的朋友可以去讀我的老文：理想的寫(xiě)作環(huán)境：git+github+markdown+jekyll
Word共享難？我的所有文檔都放在github或者其他支持git版本跟蹤服務(wù)的服務(wù)器上。所以，可以極其方便的共享文檔寫(xiě)作過(guò)程?？纯?，最近在與豆瓣友鄰協(xié)作的一本書(shū)的截圖：
可以清晰地看到，我的所有寫(xiě)作過(guò)程，github都可以自動(dòng)記錄下來(lái)，從而不再擔心寫(xiě)廢。另一位豆瓣友鄰的任何改動(dòng)、編輯的修訂意見(jiàn)，大家都可以實(shí)時(shí)完成，也具備歷史跟蹤與版本查找功能。
在用Word寫(xiě)作的時(shí)候，經(jīng)常浪費大量時(shí)間去思考排版，但是因為Markdown足夠簡(jiǎn)單，你無(wú)法思考排版，也沒(méi)必要思考，所以，逼自己集中精力寫(xiě)作。Markdown語(yǔ)法因為格式足夠簡(jiǎn)單，所以，導致開(kāi)發(fā)者非常容易生成漂亮的版式，一切既有的CSS都可以簡(jiǎn)單修改之后套用，如：css 1 、css 2
這是我在寫(xiě)的一篇長(cháng)篇科普文章。大家可以看到，我左邊寫(xiě)，右邊就是非常漂亮的稿件出來(lái)了。同樣，值得驕傲的是，這個(gè)寫(xiě)作軟件，在世界范圍，廣受好評的Mou，也是另一位國人Chen Luo開(kāi)發(fā)的:D 我們?yōu)檫@個(gè)時(shí)代，類(lèi)似于yihui與Chen Luo,這批安靜的創(chuàng )作者而驕傲。
如果你是純文科生，寫(xiě)的都是豆瓣小酸文或者詩(shī)歌之類(lèi)的，那么，看完上面這一部分就可以打住了。如果你還有寫(xiě)科技論文的需要，則繼續往下看。
科技寫(xiě)作與文藝寫(xiě)作的不同主要有：
解決這些難題，LaTeX是國際科學(xué)界，尤其是偏數理類(lèi)的學(xué)科的主流方案之一。當然，因為中國盜版office的流行，導致國內科技論文Word更盛行，則是另一碼事。Word因為近些年在參考文獻協(xié)作軟件、數學(xué)公式方面的發(fā)力，也逐步成為科技界認同的論文投遞標準之一。
提到LaTeX的人們，常常有兩種口氣。一種是當做大神來(lái)敬仰的，當語(yǔ)言、軟件變?yōu)閭髌?，路人皆知它的誕生歷史時(shí)，于是，眾多如你我這類(lèi)文科生，只有抬頭仰望的份了。另一類(lèi)，則是不屑的口氣，LaTeX那么好學(xué)，你怎么都學(xué)不會(huì )！國際期刊都是用這個(gè)寫(xiě)的，你別混了。。。
于是，我等文科生只好在被鄙視的眼光之下，快快走過(guò)LaTeX。。。但是，LaTeX真的符合人們寫(xiě)作習慣嗎？請記住當時(shí)的歷史。那時(shí)的計算機，所見(jiàn)即所得，并不像今天這么流行。那時(shí)的計算機，處理能力也不像今天這么強大。更別提什么腳本語(yǔ)言了。翻出上一份LaTeX文檔所用的APA模版，大家就知道它有多么坑爹了。。。
使用Lyx，好看多了。問(wèn)題是，它有坑嗎？你跳過(guò)嗎？
每位試圖解決LaTeX的不便，又試圖保留它的優(yōu)點(diǎn)的人們，都走上了一條不歸路。
直到有一天，極其熟悉LaTeX，也熟悉Markdown的yihui同學(xué)，意識到了，LaTeX它可以作為最終格式生成。但是，我們中間的寫(xiě)作過(guò)程，完全可以用Markdown這么簡(jiǎn)單明了的語(yǔ)法來(lái)寫(xiě)，我們真正需要的，就是一堆數學(xué)公式、圖表與參考文獻而已。前2者，恰恰是R的強項。后者，則留給開(kāi)源社區，下一步解決。（可參考線(xiàn)索1、線(xiàn)索2、線(xiàn)索 3 )
于是，在他的新作R包knitr中，果斷提供了Markdown支持。并說(shuō)服R社區主流編輯器廠(chǎng)家，開(kāi)源軟件RStudio 提供 Markdown支持，從而使得Rmd這種新格式開(kāi)始流行。我們有幸看到這個(gè)重要格式的誕生，國人的貢獻如此重要。
Rmd 格式更詳細的描述，讀 yihui 的文檔：自動(dòng)化報告
在這里，讓我簡(jiǎn)單說(shuō)明，如何最快上手Rmd格式。
下載 RStudio 之后，打開(kāi)配置選項，如下圖所示：
然后，進(jìn)行如下配置：
新建一個(gè)Rmd文檔，如下圖所示：
然后，默認會(huì )出來(lái)一些內容。如果你對Markdown語(yǔ)法有不熟悉的地方，點(diǎn)擊MD按鈕。寫(xiě)完之后，直接點(diǎn)擊： Knit HTML 按鈕即可發(fā)布。MD按鈕與Knit Html按鈕的位置如下圖所示：
就會(huì )預覽成功。你也可以點(diǎn)擊保存，生成相應的圖片、Markdown文檔。
是的，你要的一切圖片都有了！這就是 yihui 所推崇的 文學(xué)性編程、可重復研究概念的神奇。
更重要的是，還保留了對LaTeX的無(wú)縫兼容。比如，大家可以敲下這段文字：
## The Normal DistributionThe normal distribution is defined as follows:$$latexf(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 }$$To generate random draws from a normal distribution we use the **rnorm** function:```{r block1}output <- rnorm(1000, 100, 15);```The normal distribution has the typical bell shape:```{r block2, fig.width=8, fig.height=5}ggplot2::qplot(output)```其中，這一段，
$$latexf(x;\mu,\sigma^2) = \frac{1}{\sigma\sqrt{2\pi}} e^{ -\frac{1}{2}\left(\frac{x-\mu}{\sigma}\right)^2 }$$就是直接生成LaTeX格式的數學(xué)公式！
沒(méi)有安裝RStudio，或者不熟悉R的朋友，可以在我搭建的一個(gè)在線(xiàn)演示APP里面，將上述代碼，粘貼上去，然后看看神奇的效果！
網(wǎng)址是：R Markdown App 效果如下圖所示：
讓我細數一下：
發(fā)表論文或者審核同事的報告，有個(gè)最麻煩的事情，你不知道他的步驟或者計算是否有誤?，F在，代碼嵌在報告正文中，或者附錄在報告末尾。而你，要做的，僅僅是一鍵生成。。。 這就是真正意義上的可重復性研究！
既兼容了LaTeX的既有能力，同時(shí)，又廣泛借助于R自身強大的作圖與統計學(xué)習能力。
更重要的是，未來(lái)，并不是非要用R語(yǔ)言作圖。yihui 同學(xué)在前文中的描述已經(jīng)極其清楚了。
真正意義上的云計算，尤其是類(lèi)似于我們這樣，中小企業(yè)、小型實(shí)驗室實(shí)戰使用的小型云計算，不同于各類(lèi)忽悠的云計算。Markdown+R這種方式是最佳方式之一。上述例子中提到的那個(gè)APP，就是搭建在云中。同時(shí)提供各類(lèi)REST接口，可以被Ruby程序調用。
點(diǎn)這里：Pandoc
還有不少有趣的玩法，如Building a beamer presentation with knitr.
好了，回到大家最關(guān)心的部分。分成兩部分，先是如何學(xué)習Markdown，其次是如何學(xué)習R。
文藝青年看這里，
可以看這里：如何學(xué)習科學(xué)：開(kāi)放科學(xué)工具箱
點(diǎn)擊 RAW 即可看到原始格式。這是一個(gè)長(cháng)文檔的示范。另一個(gè)示范是作者寫(xiě)的一個(gè)在線(xiàn)DEMO：
云中的社會(huì )網(wǎng)絡(luò )分析+Markdown
ps1: 本文檔的markdown原生格式，請參考
ps2： 本文檔直接生成的html格式，請訪(fǎng)問(wèn)
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