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物理性質(zhì)預測：
Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html

基于組成的蛋白質(zhì)識別預測
AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

二級結構和折疊類(lèi)預測
nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html

特殊結構或結構預測
COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html

與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數據庫和網(wǎng)絡(luò )技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數據庫下載到本地檢索和通過(guò)國際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。

由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列
可聯(lián)網(wǎng)到：“http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein”進(jìn)行檢索。

利用SRS系統從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列
聯(lián)網(wǎng)到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。

通過(guò)EMAIL進(jìn)行序列檢索
當網(wǎng)絡(luò )不是很暢通時(shí)或并不急于得到較多數量的蛋白質(zhì)序列時(shí)，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。

蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析
蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區及結構功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來(lái)預測跨膜螺旋。同時(shí)，也有很多短片段被細胞用來(lái)將目的蛋白質(zhì)向特定細胞器進(jìn)行轉移的靶標（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類(lèi)資源用于幫助預測蛋白質(zhì)的功能。

疏水性分析
位于ExPASy的ProtScale程序（ http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）可被用來(lái)計算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶(hù)計算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應的分值。輸入的數據可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數據庫的序列接受號。需要調整的只是計算窗口的大?。╪）該參數用于估計每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。
進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時(shí)，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等。

跨膜區分析
有多種預測跨膜螺旋的方法，最簡(jiǎn)單的是直接，觀(guān)察以20個(gè)氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區域，但同時(shí)還有多種更加復雜的、精確的算法能夠預測跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主要是基于對已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數據庫，可通過(guò)匿名FTP獲得(http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase)，參見(jiàn)表一
資源名稱(chēng) 網(wǎng)址 說(shuō)明
TMPRED http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 基于對tmpred數據庫的統計分析PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/services/sander/predictprotein/predictprotein.htmlMEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微機版本
，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而，含有跨膜區的蛋白質(zhì)往往和細胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html”

前導肽與蛋白質(zhì)定位
在生物內，蛋白質(zhì)的合成場(chǎng)所與功能場(chǎng)所常被一層或多層細胞膜所隔開(kāi)，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉運。合成的蛋白質(zhì)只有準確地定向運行才能保證生命活動(dòng)的正常進(jìn)行。一般來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結構中，并通過(guò)與膜上特殊的受體相互作用而得以表達。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個(gè)氨基酸序列就這個(gè)氨基酸序列就是信號肽序列。含有信號肽的蛋白質(zhì)一般都是分泌到細胞外，可能作為重要的細胞因子起作用，從而具有潛在的應用價(jià)值。
http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0

卷曲螺旋分析
另一個(gè)能夠直接從序列中預測的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在這種結構中，兩種螺旋通過(guò)其疏水性界面相互纏在一起形成一個(gè)十分穩定的結構。
蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源
資源 網(wǎng)址
coiled-coil http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo http://epitope-informatics.com/Links.htm

蛋白質(zhì)功能預測

基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預測
到少有80個(gè)氨基酸長(cháng)度范圍內具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著(zhù)性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現顯著(zhù)性片段，而無(wú)需使用十分耗時(shí)的BLITZ軟件。

基于NCBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析
類(lèi)似于核酸序列同源性分析，用戶(hù)直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(www.ncbi.nlm.gov/blast)，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析。

基于WU/BLAST2軟件進(jìn)行分析
華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析。

基于motif、結構位點(diǎn)、結構功能域數據庫的蛋白質(zhì)功能預測
蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對其的分析也是生物信息學(xué)的一個(gè)部分。
同時(shí)，分子進(jìn)化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區域具有不同的進(jìn)化速率，一些氨基酸必須在進(jìn)化過(guò)程中足夠保守以實(shí)現蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類(lèi)技術(shù)，第一類(lèi)是依賴(lài)于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數據庫。

Motif數據庫-PROSITE
最好的是PROSITEwww.expasy.org/prosite）

蛋白質(zhì)序列的(profile)分析
www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html

InterProScan綜合分析網(wǎng)站
InterProScan是EBI 開(kāi)發(fā)的一個(gè)集成了蛋白質(zhì)結構域和功能位點(diǎn)的數據庫，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數據庫提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結構域，motif等信息統一起來(lái)，提供了一個(gè)較為全央的分析工具。
www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html

蛋白質(zhì)的結構功能域分析
簡(jiǎn)單模塊構架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一個(gè)較好的蛋白質(zhì)結構功能域的數據，可用于蛋白質(zhì)結構功能域的分析，所得到的結構域同時(shí)提供相關(guān)的資源的鏈接http://smart.embl-heidelberg.de/

蛋白質(zhì)結構預測

PDB數據庫
蛋白質(zhì)基本立體結構數據庫(PDB, www.rcsb.org)其中有大量工具用于查看PDB數據庫中的結構，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結構，下載地址：www.umass.edu/microbio/rasmol）

PDBFinder 數據庫
是在PDB、DSSP、HSSP基礎上建立的二級庫，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級結構等，這些些信息隨著(zhù)PDB庫每次發(fā)布新版，PDBFinder在EBI自動(dòng)生成，網(wǎng)址為“www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder/ ftp://swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder.

NRL-3D數據庫
是所有已知結構蛋白質(zhì)的數據庫，可用于查詢(xún)蛋白序列時(shí)行相似性分析以確定其結構www.gdb.org/Dan/protein/nrl3d.html

ISSD數據庫
蛋白質(zhì)序列數據庫，其每個(gè)條目包含一個(gè)基因的編碼序列，同相應的氨基酸序列對比，并給出相應的多肽鏈結構數據。www.protein.bio.msu.su/issd

HSSP數據庫
是根據同源性導出的蛋白質(zhì)二級結構數據庫，每一條PDB項目都有一個(gè)對應的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp

蛋白質(zhì)結構分類(lèi)數據庫

對已知蛋白質(zhì)三維結構進(jìn)行手工分類(lèi)得到的數據庫，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù) http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

MMDB蛋白質(zhì)分子模型數據庫
是ENTREZ檢索工具所使用的三維結構數據庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結構和序列數據。NCBI同時(shí)提供一個(gè)配套的三維結構顯示程序的Cn3D,www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

Dali/FSSP數據庫
基于PDB數據庫中現有的蛋白質(zhì)三維結構，用自動(dòng)結構對比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類(lèi)庫。www.embl-ebi.ac.uk/dali

蛋白質(zhì)二級結構預測

基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級結構方面已有了大量文獻描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類(lèi)：基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。
文獻報道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結構到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為www.embl-heidel-berg.de/predictprotein/predictprotein.html,也可通過(guò)email:predictprotein@embl-heidelberg.de進(jìn)行數據分析。

蛋白質(zhì)三級結構預測
蛋白質(zhì)同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關(guān)系和預測新蛋白質(zhì)序列的功能 有重要意義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,
前者指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌紅蛋白。

蛋白質(zhì)分類(lèi)數據庫（ProtoMap）
是對SWISS-PROT數據庫中的全部蛋白質(zhì)由計算機自動(dòng)時(shí)行層次分類(lèi)，把相關(guān)者聚集分極所得到的數據庫。www.proteinmap.cs.huji.ac.il

蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進(jìn)化分析
如果發(fā)現一個(gè)未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應家族的成員，從而可從分子時(shí)化的角度對蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。

常用在線(xiàn)蛋白工具
BCM Search Launcher
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/
蛋白序列二級結構預測綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據需要，使用各種在線(xiàn)預測工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM，使用十分方便。

DAS
<http://www.biokemi.su.se/~server/DAS/>;
蛋白跨膜預測服務(wù)器、輸入蛋白序列，預測跨膜區域。

TopPred 2
<http://www.biokemi.su.se/~server/toppred2/>;
斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預測服務(wù)器提供的膜蛋白拓撲學(xué)預測Topology prediction of membrane proteins在線(xiàn)工具

SOSUI
<http://azusa.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosui/>;
東京農業(yè)科技大學(xué)（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分類(lèi)和二級結構預測在線(xiàn)工具。

PSIpred - MEMSAT2
<http://globin.bio.warwick.ac.uk/psipred/>;
本蛋白結構預測服務(wù)器允許你提交一個(gè)蛋白序列，進(jìn)行二級結構預測與跨膜拓樸結構預測，并將結果用EMAIL提供給您。

HMMTOP
<http://www.enzim.hu/hmmtop/>;
預測蛋白序列的跨膜螺旋與拓撲結構服務(wù)器

TMpred
<http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html>;
預測蛋白序列跨膜區

TMHMM
<http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/>;
預測蛋白的跨膜螺旋

The PredictProtein server
<http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/>;
提供蛋白數據庫查詢(xún)，預測蛋白各種結構的服務(wù)

SMART
<http://smart.embl-heidelberg.de/>;
提供蛋白序列，在結構域數據庫中查詢(xún)，顯示出其結構域及跨膜區等

SPLIT
<http://pref.etfos.hr/split/>;
膜蛋白二級結構預測服務(wù)器

PRED-TMR
<http://o2.db.uoa.gr/PRED-TMR/>;
提供基于SwissProt數據庫統計分析的預測蛋白跨膜片段的服務(wù)

CoPreThi
<http://o2.db.uoa.gr/CoPreTHi/Main.html>;
基于INTERNET的JAVA程序，預測蛋白的跨膜區

TMAP
<http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html>;
提供預測蛋白跨膜片段的服務(wù)

multalin
<http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html>;
蛋白序列對照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結構。

Protein Sequence Analysis
<http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/protein/intro-uk.html>;
巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在線(xiàn)工具，絕對精選。

PSA
<http://bmerc-www.bu.edu/psa/>;
Protein Sequence Analysis 服務(wù)器為美國波士頓大學(xué)生物分子工程研究中心（the BioMolecular Engineering Research Center ）開(kāi)發(fā)，提交氨基酸序列，預測二級結構及折疊區域。

PRS
<http://www.embl-heidelberg.de/prs.html>;
EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸組成而非氨基酸序列順序進(jìn)行蛋白家族及各種特性預測的服務(wù)器，并將結果通過(guò)EMAIL發(fā)給您。

AAA
<http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html>;
EMBL氨基酸分析服務(wù)器，與上一個(gè)服務(wù)類(lèi)似，以氨基酸殘基組成為蛋白分析基礎數據，結合蛋白數據庫進(jìn)行分析。