1.實(shí)物補償未按規定扣除。土地增值稅政策規定：對房地產(chǎn)納稅人發(fā)生的由土地征用及拆遷補償費組成的土地開(kāi)發(fā)成本，應當在計算土地增值稅時(shí)扣除。但實(shí)踐中，有的房地產(chǎn)納稅人因未發(fā)生現金交割而誤解為這部分成本不能扣除。由于未將實(shí)物補償作為開(kāi)發(fā)成本扣除，相應也未將該成本作為房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)費用定率扣除以及加計扣除的基數，從而少扣了應扣除的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)成本費用。
如某市一房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司與被拆遷戶(hù)約定：還建比例為1：1，還建的住房面積為1 200平方米，其中鋪面房400平方米，還建的房產(chǎn)相當于600萬(wàn)元貨幣補償。該公司在增值稅清算時(shí)并未將實(shí)物補償部分從增值額中扣除，從而少扣了房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)費用60萬(wàn)元（600×10%）以及20%的加計扣除120萬(wàn)元。僅此一項，該公司就多計算土地增值額780萬(wàn)元（600 60 120），即便按土地增值稅最低適用稅率30%計算，該公司也相應就多繳土地增值稅234萬(wàn)元（780×30%）。
2.實(shí)物補償未按項目正確分攤?！?a target="_blank">國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問(wèn)題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）規定：“屬于多個(gè)房地產(chǎn)項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個(gè)項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。”土地增值稅是以開(kāi)發(fā)項目為清算單位的，不同清算單位發(fā)生的成本費用不得相互抵減，因此，對于屬于多個(gè)清算單位發(fā)生的共同成本費用，要在各清算單位之間按一定標準進(jìn)行合理分配或分攤。分攤方法通常有如下三種：按轉讓土地使用權面積占可轉讓土地總面積的比例計算分攤；按照轉讓的建筑面積占總建筑面積的比例來(lái)計算分攤；按稅務(wù)機關(guān)確認的其他方式計算分攤。
另外，土地增值稅政策規定，符合下列情形之一的，主管稅務(wù)機關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：
?、僖芽⒐を炇盏姆康禺a(chǎn)開(kāi)發(fā)項目，已轉讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個(gè)項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過(guò)85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；
?、谌〉娩N(xiāo)售（預售）許可證滿(mǎn)三年仍未銷(xiāo)售完畢的；
?、奂{稅人申請注銷(xiāo)稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續的；
?、苁《悇?wù)機關(guān)規定的其他情況。
因此，拆遷補償成本還應當在已銷(xiāo)售的商品房與未銷(xiāo)售的商品房之間進(jìn)行分攤或分配。在清算時(shí)，本次允許扣除項目金額可以采用已售面積百分比法或單位成本法計算?？墒勖娣e百分比法：
本次允許扣除項目金額=允許扣除項目總金額×（已售建筑面積÷可售總建筑面積）
單位成本法：
本次允許扣除項目金額=已售建筑面積×（允許扣除項目總金額÷可售總建筑面積）
實(shí)踐中，不合理分攤實(shí)物還建成本的現象比較普遍。
如某市A房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司于2006年一次性征地100 000平方米，計劃在該宗土地上分五期開(kāi)發(fā)商品房20棟，所開(kāi)發(fā)商品房總建筑面積為5 000 000平方米。其中一期開(kāi)發(fā)工程占地面積為10 000平方米，開(kāi)發(fā)的商品房總建筑面積為200 000平方米，已銷(xiāo)售190 000平方米，其中30套商品房用于補償被拆遷戶(hù)，市場(chǎng)價(jià)值600萬(wàn)元。該公司在土地增值稅清算時(shí)，將以實(shí)物方式支付的拆遷補償費全部在第一期開(kāi)發(fā)項目中扣除，這顯然是不符合土地增值稅規定的。正確的做法應當是：首先，確定應分攤的清算單位，因該宗土地分五期開(kāi)發(fā)，所以，應當是五個(gè)清算單位。其次，確定總建筑面積。五期開(kāi)發(fā)項目的總建筑面積為5 000 000平方米。最后，確定一期開(kāi)發(fā)項目應分攤的實(shí)物還建成本為：600/5000000×200000=24（萬(wàn)元）。由此可見(jiàn)，該房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司多扣除了576萬(wàn)元（600-24）。
3.實(shí)物補償的價(jià)值確認不正確。有的稅務(wù)機關(guān)認為，房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司付出的代價(jià)是建筑成本，所以，實(shí)物還建的補償價(jià)值應以房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司所置換的商品房的建筑造價(jià)來(lái)確認。筆者認為，房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司以房產(chǎn)換取被拆遷方的房產(chǎn)或土地，所換取的房產(chǎn)與被拆遷方的房產(chǎn)或土地屬于對價(jià)關(guān)系，因此所換取的新房的市場(chǎng)價(jià)值才是房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)商為獲取被拆遷房的房產(chǎn)或土地而付出的代價(jià)。新房的市場(chǎng)價(jià)值顯然不是房屋的建筑造價(jià)。
但實(shí)物還建房產(chǎn)的公允價(jià)值有時(shí)難以取得，筆者認為可參照以下辦法確定：
一是房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)公司與被拆遷戶(hù)在拆遷協(xié)議中明確約定了補償標準的，按約定的補償標準確定；
二是參照以貨幣形式補償標準執行；
三是按實(shí)物還建房的銷(xiāo)售價(jià)格作為扣除的依據。
4.實(shí)物補償的房產(chǎn)未“視同銷(xiāo)售”。由于沒(méi)有取得現金收入，所以一部分房地產(chǎn)納稅人在土地增值稅清算申報時(shí)，沒(méi)有把實(shí)物還建的房產(chǎn)確認為土地增值稅的應稅收入；有的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)對還建房不計應稅營(yíng)業(yè)額，直接抵減拆遷補償費。而土地增值稅政策明確規定：“納稅人將開(kāi)發(fā)的房地產(chǎn)用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務(wù)、換取其他單位和個(gè)人的非貨幣性資產(chǎn)等，發(fā)生所有權轉移時(shí)應視同銷(xiāo)售房地產(chǎn)。”因此，實(shí)物還建的房產(chǎn)應“視同銷(xiāo)售”，應確認為銷(xiāo)售不動(dòng)產(chǎn)收入。
在對實(shí)物還建房產(chǎn)收入的確定上，《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈土地增值稅清算鑒證業(yè)務(wù)準則〉的通知》（國稅發(fā)[2007]132號）第二十三條規定：“ 納稅人將開(kāi)發(fā)的房地產(chǎn)用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務(wù)、換取其他單位和個(gè)人的非貨幣性資產(chǎn)等，發(fā)生所有權轉移時(shí)應視同銷(xiāo)售房地產(chǎn)，其視同銷(xiāo)售收入按下列方法和順序審核確認：
?。ㄒ唬┌幢酒髽I(yè)當月銷(xiāo)售的同類(lèi)房地產(chǎn)的平均價(jià)格核定。
?。ǘ┌幢酒髽I(yè)在同一地區、同一年度銷(xiāo)售的同類(lèi)房地產(chǎn)的平均價(jià)格確認。
?。ㄈ﹨⒄债數禺斈?、同類(lèi)房地產(chǎn)的市場(chǎng)價(jià)格或評估價(jià)值確認。”
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